Zakazy te były o tyle uzasadnione, że uchodźcy rozpowszechniali pogłoski o odrodzeniu się Polski i inkorporacji do niej Litwy, agitowali przeciwko podporządkowywaniu się litewskiej administracji. Kolportowane były ulotki antylitewskie. Zdarzyły się ataki na litewskie posterunki, a najsilniejsze wrogie nastawienie przejawiali byli urzędnicy i wojskowi, niższe warstwy społeczne nie przejawiały tak intensywnie propolskich postaw. Obchodząc obowiązek rejestracji jako uchodźcy, w Wilnie i na Wileńszczyźnie zaczęto tworzyć konspirację polską, mającą na celu działalność antyniemiecką, antysowiecką i antylitewską. W styczniu 1940 władze zlikwidowały Organizację Polski Walczącej i Organizację Orła Białego „dążące do odrodzenia Polski drogą walki zbrojnej i utrzymania Wilna dla Polski”, których większość członków konspiracji pochodziła spoza Wileńszczyzny.
Przybycie licznych obywateli polskich stało w sprzeczności z rządowymi planami lituanizacji Wilna i okolic, w ramach których prowadzono przesiedlenia. Społeczność żydowska zdołała przekonać władze litewskie, że wskutek wysiedlenia uchodźców żydowskich uszczerbku dozna życie gospodarcze miasta, co spotkało się z częściową akceptacją. Pozostawiono w Wilnie także pisarzy i dziennikarzy żydowskich.