Litewski komisarz ds. uchodźców wojennych postulował stopniową likwidację prowadzonych przez Litewski Czerwony Krzyż schronisk i punktów pomocy dla uchodźców oraz likwidację zapomóg dla osób planujących pozostanie na terenie Litwy. Od początku dokonywano przymusowych przesiedleń, a osoby ukrywające się karano półrocznym aresztem.
Aby zapanować nad uchodźcami nie respektującymi litewskich przepisów, litewskie władze administracyjne 1 czerwca 1940 utworzyły obóz koncentracyjny dla Polaków w Podbrodziu.
Jednocześnie rząd litewski zabiegał o to, by jak najwięcej znajdujących się na terytorium państwa Polaków wyjechało za granicę. Nieskutecznie usiłowano wysłać do Wielkiej Brytanii, Stanów Zjednoczonych i Argentyny po 10 000 obywateli polskich. Dania, Szwecja i Norwegia nie wyraziły zgody na przyjęcie nawet po 1000 uchodźców, a dla Żydów próbujących wyemigrować do Palestyny władze brytyjskie określiły limit 200 ludzi. Uchodźcy z Polski korzystali z napływającej z zagranicy pomocy, organizowanej przez środowiska polskie i żydowskie z USA oraz inne międzynarodowe organizacje.