W latach 90. XX w. Leopolidna była naturalnym partnerem rządu zjednoczonych Niemiec dla przebudowy wschodnioniemieckiego systemu nauki. Akademia została przeorganizowana i ukierunkowana na prace interdyscyplinarne. Od 2003 roku zintensyfikowano jej kontakty na arenie międzynarodowej. W 2008 roku Leopoldina uzyskała status Narodowej Akademii Nauk.
Organizacja Akademia zarządzana jest przez prezydium, które obraduje raz w miesiącu. Członkowie prezydium wybierani są przez senat akademii na okres pięciu lat z możliwością jednokrotnego wyboru ponownego. Prezydium tworzą prezydent, czterech wiceprezydentów, czterech sekretarzy reprezentujących cztery klasy akademii oraz trzech członków akademii. Od 1 marca 2010 roku prezydentem Leopoldiny jest .
Leopoldina finansowana jest przez rząd federalny Niemiec (80%) oraz przez władze kraju związkowego Saksonii-Anhalt.
Działalność Jako Narodowa Akademia Nauk Leopoldina prowadzi niezależne badania na tematy ważne dla przyszłości społeczeństwa, których wyniki udostępnia władzom niemieckim i szerszemu społeczeństwu.
Akademia przyznaje medale i wyróżnienia, m.in. medal Carusa.
Członkostwo