osoby pochodzenia żydowskiego wykreślono ołówkiem z listy członków, a po wojnie skreślenia wytarto gumką. Po zakończeniu wojny, Halle znalazło się w strefie wpływów sowieckich, jednak wcześniej żołnierze amerykańscy wywieźli z miasta wielu naukowców i członków Leopoldiny. Ówczesny prezydent akademii, szwajcarski biochemik Emil Abderhalden (1877–1950) wyjechał do Szwajcarii. Wojska radzieckie wywiozły archiwa towarzystwa i zbiory biblioteczne do Moskwy. Prawo Niemieckiej Republiki Demokratycznej ograniczało zakres działalności akademii, co doprowadziło do zaprzestania naboru nowych członków.
W 1954 roku prezydentem Leopoldiny został (1900–1983), który zapoczątkował doroczne zjazdy towarzystwa, które miały odbywać się na przemian w Schweinfurcie i w Halle. W Schweinfurcie odbył się jednak tylko jeden zjazd – w 1957 roku. Po wybudowaniu Muru Berlińskiego w 1961 roku i wprowadzeniu ograniczeń w podróżowaniu dla obywateli NRD, naukowcy ze wschodu nie mogli przyjechać do Schweinfurtu ponownie. Spotkania organizowane przez akademię umożliwiały wschodnioniemieckim naukowcom kontakt z badaczami z zachodu. W kontaktach z partią i władzami DDR w sprawach politycznych, Mothes nie wahał się uciekać do groźby przeniesienia siedziby Leopoldiny do Niemiec Zachodnich.