Giovanni Battista Cibo został wybrany na papieża 29 sierpnia 1484. Przyjął imię Innocenty VIII, na cześć innego genueńskiego papieża Innocentego IV (1243–1254). 12 września 1484 został uroczyście koronowany na schodach bazyliki watykańskiej przez protodiakona Francesco Piccolominiego.
Wybór Innocentego VIII podyktowany był faktem, że dwaj liderzy frakcji w Kolegium Kardynałów, Giuliano della Rovere i Rodrigo Borgia nie byli w stanie przeforsować swoich własnych kandydatur: della Rovere był wówczas jeszcze zbyt młody (miał 41 lat), a Borgii nie udało się uzyskać poparcia wystarczającej liczby elektorów. W tym stanie rzeczy obaj dążyli do wyboru „papieża przejściowego”, który by był człowiekiem słabego charakteru, podatnym na ich wpływy, przy którym by mogli umocnić swoje pozycje przed następnym konklawe. Giovanni Battista Cibo w pełni odpowiadał tym wymogom i pod tym względem nie zawiódł nadziei swoich wyborców. W chwili wyboru miał wprawdzie tylko 52 lata, nie był więc zbyt stary, jednak jego słabe zdrowie nie wróżyło długiego pontyfikatu.