W klasztorze mieszkał potajemnie sześć miesięcy. 5 kwietnia konsekrował kościół. Jego prawdziwą tożsamość miał odkryć przez przypadek pewien francuski gość i ujawnić ją Signorii weneckiej. Po tym fakcie doża Wenecji Sebastiano Ziani doprowadził do zgody cesarza z papieżem, której wyrazem było uklęknięcie cesarza przed papieżem w bazylice św. Marka. Przy tej okazji, w geście wdzięczności, Aleksander III miał wręczyć doży pierścień jako symbol panowania Wenecji na morzu.
W 1260 roku budynki klasztoru przeszły w ręce Scuola Grande di Santa Maria della Carità, najstarszej z sześciu weneckich Scuole Grande w Wenecji, założonej w tym samym roku w kościele San Leonardo, w dzielnicy Cannaregio. Była ona początkowo bractwem flagelantów, podobnie jak wszystkie sześć pierwotnych Scuole Grande. W tym czasie kościół miał zewnętrzny ganek, charakterystyczny niegdyś element architektoniczny w Wenecji, obecnie zachowany tylko w dwóch kościołach: San Nicolò dei Mendicoli i San Giacomo di Rialto. W 1344 roku obok klasztoru zbudowano salę zebrań bractwa.