budynek został zajęty przez francuskich żołnierzy i rozgrabiony. Nabożeństwa sprawowano jednak nadal w dolnej cerkwi św. Sergiusza z Radoneża. Po zakończeniu wojny Świątobliwy Synod Rządzący przeznaczył na odbudowę monasteru, jako historycznie związanego z Romanowymi, 15 tys. rubli, ponadto na ten cel wpłynęły dary wiernych.
W 1856 r. car Aleksander II postanowił wykupić pałac Romanowów od monasteru, zrekonstruować dawny wygląd rodowej rezydencji i urządzić w niej muzeum. Cerkiew monasterska była remontowana w 1913 r., przed uroczystościami trzystu lat panowania dynastii w Rosji. Świątynię pomalowano na niebiesko i urządzono w niej boczny ołtarz św. Michała Maleina.
Po 1917 r. Po rewolucji październikowej monaster został zlikwidowany, a jego cerkiew zamknięta i zaadaptowana na budynek mieszkalny. Jej pięć kopuł rozebrano. W latach 1963–1972 przeprowadzono remont dawnej świątyni, przywracając jej wygląd z 1684 r. Urządzono w niej dom propagandy towarzystwa ochrony zabytków z salami wykładowymi i koncertowymi. Następnie budowlę znowu zamknięto z uwagi na powstanie pęknięć w ścianach;