Spalony pałac Romanowów zastąpiono całkowicie nową budowlą z gankiem, w której rozmieszczono cele ihumena, kancelarię i pomieszczenia, w których przechowywano dary przekazane wspólnocie przez patriarchę Filareta, jego syna cara Michała i jego byłą żonę mniszkę Martę.
Już w I połowie XVIII w. sytuacja monasteru poważnie się pogorszyła. Budynki klasztorne popadały w ruinę z powodu charakteru gruntu, na którym je wzniesiono. Prawdopodobnie Piotr I polecił zakończył finansowanie wspólnoty z kasy państwowej, a po przeniesieniu stolicy państwa do Petersburga znaczenie monasteru ostatecznie spadło. W 1730 r. budynki monasterskie były już niemal całkowicie zniszczone, w 1737 r. pożar miasta zniszczył główny sobór klasztorny.
W 1762 r., po sekularyzacji majątków cerkiewnych i przejściu wspólnot mniszych na finansowanie państwowe, podupadły monaster został zaliczony do klasztorów III klasy. W latach 80. XVIII w. w odnowionym soborze wykonano dekorację malarską, wzniesiono także nową dzwonnicę, która była zarazem efektowną bramą wjazdową. Krótki okres dobrobytu we wspólnocie przerwał najazd Napoleona na Rosję w 1812 r. Mnisi wywieźli najcenniejsze ikony z monasteru do Wołogdy;