Zur Formierung Freiburger Widerstandskreise über den evangelischen Kirchenkampf. In: Wirtschaft, Politik und Freiheit. Freiburger Wirtschaftswissenschaftler und der Widerstand. Tübingen 2005, s. 48.Akten der Reichskanzlei der NSDAP. Teil 1, München u. a. 1983, s. 845.. Od 1942 do 1945 roku ponownie został powołany do służby wojskowej do wywiadu lotniczego.
Po wojnie kontynuował współpracę z Dietze prowadząc seminarium na temat reorganizacji gospodarki i społeczeństwa. Powołanie w 1949 na Uniwersytet Koloński odrzucił. W 1956 opublikował pracę Konrad Peutinger und der Durchbruch des neuen ökonomischen Denkens in der Neuzeit. W 1962 roku stanął na czele nowo powstałej katedry historii gospodarczej i społecznej na Uniwersytecie we Fryburgu. Oprócz historii gospodarczej zajmowała go także historia katolicyzmu. W 1964 roku ukazał się zbiór Deutscher Katholizismus. Entwicklungslinien und Profile. Następnie był jeszcze głównym redaktorem szóstej edycji (1957–1970) leksykonu Staatslexikon der Görres-Gesellschaft. Jego autorstwa są między innymi główne hasła z zakresu liberalizmu i kapitalizmu. Clemens Bauer przeszedł na emeryturę w 1967 roku.