Rządy Bizancjum i zniszczenie miasta W roku 535 wyspy maltańskie przyłączone zostały do bizantyńskiej prowincji Sycylii. Melite pozostała administracyjnym centrum wyspy, lecz niewiele wiadomo o dziejach miasta w okresie bizantyńskim. Mogła zostać wtedy zbudowana struktura obronna, która zredukowała Melite do wielkości dzisiejszej Mdiny, jednej trzeciej wielkości punicko-rzymskiego miasta. Śródszaniec został prawdopodobnie zbudowany około VIII wieku, by przeciwstawić się rosnącemu zagrożeniu muzułmańskiemu, chociaż mógł być również zbudowany później, około wieku XI, przez Arabów. Niezależnie od tego, kiedy go budowano, nowe mury zostały najprawdopodobniej zbudowane z kamienia uzyskanego ze zburzonych budynków antycznego miasta.
thumb|Sarkofag i wapienne nagrobki z muzułmańskiego cmentarza założonego w XI wieku na ruinach Domvs Romana