Melite została zdobyta i zburzona przez Aghlabidów w roku 870. Jak podaje Al-Himyarī, w tym czasie miasto było rządzone przez bizantyńskiego gubernatora Amrosa (prawdopodobnie Ambrosiosa). Czas oblężenia nie jest znany, lecz musiało ono trwać kilka tygodni lub nawet miesięcy. Siły Aghlabidów były dowodzone przez inżyniera Halafa al-Hādima, który stracił życie w bitwie. Z Sycylii przysłany został wtedy nowy wali, aby kontynuował oblężenie. Po jakimś czasie Melite upadła pod naporem najeźdźców, mieszkańcy zostali wymordowani, kościoły złupione, a miasto zniszczone. Marmury z kościołów Melite posłużyły do budowy zamku w Susie w dzisiejszej Tunezji.
Według relacji Al-Himyarīego, wyspa pozostała prawie bezludna, aż do zasiedlenia jej w roku 1048 lub 1049 przez muzułmanów i ich niewolników, którzy na miejscu Melite zbudowali osadę nazwaną Medina, tworząc ją „świetniejszym miejscem, niż było poprzednio”. W latach 1053–1054 Bizantyńczycy próbowali odbić miasto, lecz zostali odparci przez obrońców. Jednakże archeologiczne dowody sugerują, że miasto było kwitnącą muzułmańską osadą już na początku XI wieku, więc relacja Al-Himyarīego może być niewiarygodna w tym aspekcie.