wyszedł na wolność w październiku 2016, po wpłaceniu trzech milionów złotych poręczenia majątkowego (w sierpniu 2015, po przychylnej decyzji krakowskiego sądu, wpłacił wprawdzie 600 tys. zł kaucji, jednak po zażaleniu prokuratury sąd cofnął swoją decyzję). Zastosowano wobec niego także zakaz opuszczania kraju połączony z zaborem paszportu, dozór policyjny oraz zabezpieczono blisko 13 mln zł na jego majątku. Dubieniecki zapewniał, że jest niewinny, a z prośbą o interwencję jego adwokat zwrócił się między innymi do Jarosława Kaczyńskiego czy Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka. Grozi mu do 15 lat więzienia.
29 grudnia 2017 do Sądu Okręgowego w Krakowie wpłynął w tej sprawie akt oskarżenia; zostało nim objętych 9 osób, w tym Dubieniecki.
„Taśmy” Dubienieckiego 4 stycznia 2018 portal Gazeta.pl opublikował pochodzące z lipca 2017 nagranie rozmowy Marcina Dubienieckiego z Markiem Sosnowskim, prokuratorem prowadzącym jego sprawę dotyczącą wyłudzeń z PFRON. Na nagraniu Sosnowski przyznaje, że choć jego zdaniem ustały przesłanki do zabraniania Dubienieckiemu wyjazdu z Polski, to nie wychyli się, bo nie chce zepsuć sobie kariery, spowodować to, że przestałby być naczelnikiem.