zarządzanie zasobami ludzkimi, organizacja szkoleń i zajęć edukacyjnych, Departament Uzbrojenia, Zabezpieczenia Technicznego i Łączności – poza sprawami uzbrojenia, wyposażenia i łączności, odpowiedzialny jest również za ochronę kryptograficzną informacji, zabezpieczenie informatyczne, ochronę systemu telekomunikacyjnego oraz fizycznych elementów systemów łączności, Departament Organizacji Działań Powszednich i Zabezpieczenia Socjalno-Humanitarnego – zaplecze socjalne, humanitarne, moralne i psychologiczne dla funkcjonariuszy, ochrona zdrowia, Departament Zabezpieczenia Logistycznego – zabezpieczenie materiałowe, budownictwo Departament Finansowo-Ekonomiczny Wyspecjalizowane centra Służby
Struktura terenowa mały|Ukraiński znak graniczny thumb|Naszywka mundurowa thumb|Dzień Państwowej Służby Granicznej Ukrainy w Kijowie, 2018 Państwowa Służba Graniczna Ukrainy funkcjonuje w ramach tzw. zarządów regionalnych. W ich ramach podstawową jednostką organizacyjną jest tzw. zagon – rodzaj pododdziału, jaki funkcjonuje m.in. na Ukrainie i w Rosji.