do ponownego ożywienia doszło dzięki królowi Jerzemu z Podiebradów, który ustanowił miasto w 1458 r. siedzibą hrabstwa. W 1472 r. w Kłodzku zatrzymał się królewicz polski Władysław II Jagiellończyk przed koronacją na króla Czech w Pradze.
W 1501 r. Kłodzko i całe hrabstwo odkupił od Podiebradów Ulrich von Hardeck. Wiek XVI rozpoczął korzystny okres w dziejach miasta, trwający do wojny trzydziestoletniej.
thumb|upright|Czarna Brama z grupą rzeźbiarską (XVIII w.) W 1526 r. Kłodzko wraz z Czechami przeszło pod panowanie Habsburgów. Okres ten naznaczony był konfliktami społeczno-religijnymi związanymi z reformacją. W 1562 r. luteranie stanowili większość mieszkańców Kłodzka, przejmując kościół parafialny. Reformacja przyczyniła się również do upadku klasztorów bernardynów i franciszkanów w mieście. Budynki klasztorne zamieniono na szpitale, a ogrody na cmentarze dla mieszkańców przedmieść.