Przez cały XI w. ziemia kłodzka była terenem uporczywych walk między Piastami a Przemyślidami. W 1003 r. Kłodzko zostało na krótko opanowane przez Bolesława Chrobrego. W 1114 r. gród został zdobyty przez księcia Sobiesława I, który w 1137 r. zawarł z Bolesławem Krzywoustym pokój zielonoświątkowy, potwierdzający przynależność ziemi kłodzkiej do Czech.

W 2 połowie XII w. położone u stóp kasztelańskiego zamku podgrodzie zaczęło przekształcać się w osadę o charakterze rzemieślniczo-targowym, zamieszkiwaną przez ludność słowiańską. Rejon na północ od rynku kolonizowany był przez Niemców. Kolonizacja niemiecka wzmogła się po przybyciu w 1169 r. do Kłodzka joannitów.

Rozwinięta z podgrodzia osada targowa przekształciła się w miasto, zanim nastąpiła oficjalna lokacja. Niestety nie zachował się dokument lokacyjny, ale niektórzy historycy uważają, że mogło to nastąpić już w 1223 r. Natomiast herb przedstawiający lwa z rozdwającym się ogonem został nadany miastu dopiero za panowania Przemysła Ottokara (1253–1278). Pierwsza wzmianka o wójcie kłodzkim pochodzi z 29 marca 1275 r. W miejsce kasztelanów władzę w mieście objęli wójtowie. W zamku wybudowanym po 1129 r.