Początkowo należał – jak niemal całe środowisko hozjańskie – do przeciwników dogmatu o nieomylności i o prymacie papieży, w trakcie soboru zmienił zdanie. Franz Hipler polemizował ze swoim nauczycielem z Monachium, profesorem teologii Ignazem von Döllingerem, sprzeciwiającym się uchwałom soboru.
W 1877 miały miejsce objawienia Matki Bożej w Gietrzwałdzie. Ponieważ Franz Hipler znał dobrze język polski, biskup Krementz skierował go w celu przesłuchania wizjonerek. Po 10-dniowym pobycie w Gietrzwałdzie nabrał przekonania co do autentyczności wydarzeń, protokoły spisał w języku polskim i niemieckim. Prowadząc działalność badawczą nawiązał współpracę z polskimi uczonymi, najliczniej ze środowiska krakowskiego, m.in. z Adolfem Mułkowskim – dyrektorem Biblioteki Uniwersytetu Jagiellońskiego, Franciszkiem Karlińskim – dziekanem Wydziału Filozoficznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. Wspólnym dziełem edytorskim Hiplera i prof. Wincentego Zakrzewskiego, reprezentującego Komisję Historyczną Akademii Umiejętności, było wydanie dwóch tomów korespondencji Hozjusza. Dzieło zostało zainicjowane przez Hiplera, a sfinansowane przez Kraków i tam wydane (w sumie obaj historycy opublikowali ponad 2 tys. dokumentów, głównie listów). Hipler utrzymywał stałe kontakty z Komisją Historyczną Akademii Umiejętności.