Jego naukowe relacje z uczonymi polskimi, poza wymienionymi osobami i instytucjami, były tak rozległe, że aż zdumiewające. Korespondował i współpracował przynajmniej jeszcze z dwudziestoma pięcioma przedstawicielami nauki polskiej. Ponieważ w tym okresie nasilała się pruska polityka kulturkampfu, władze berlińskie patrzyły podejrzliwie na takie działania Hiplera. Franz Hipler twardo bronił praw Kościoła, sprzeciwiając się „ustawom majowym” (Maigesetze) podporządkowującym Kościół polityce państwa. W 1873 wystąpił z wnioskiem, aby uczniowie gimnazjum katolickiego bojkotowali lekcje religii starokatolickiego ks. Paula Wollmanna, po którym doszło do zamieszek w Braniewie.
Ponieważ sprzeciwił się kontroli przez państwo zarządzanego przez niego seminarium duchownego, 9 grudnia 1876 władze zamknęły uczelnię, a alumni musieli się przenieść się do seminarium w Eichstätt w Bawarii. Równocześnie Hipler starał się być lojalnym obywatelem i gdy minęły lata ostrej walki, otrzymał Order Orła Czerwonego IV klasy za zasługi na polu naukowym (odznaczenie dość często rozdawane przez króla)Deutsche Biographische Enzyklopädie der Theologie und der Kirchen (DBETh), s.