Prezbiterium Prezbiterium jest oddzielone od nawy kilkoma stopniami schodów. Po prawej stronie znajduje się, osłonięty szklaną szybą, fragment ściany z monochromatycznym freskiem, pochodzącej z zakrystii pierwotnego kościoła. Autorstwo fresku, przedstawiającego Złożenie do grobu, przypisywane jest Perinowi del Vaga. Ściany prezbiterium wypełniają freski: Chrzest św. Augustyna i Wyświęcenie św. Augustyna na biskupa, pędzla Cesare Maccariego (1889). XIX-wieczna, marmurowa balustrada, oddziela prezbiterium od apsydy, w której znajduje się dawny ołtarz główny, dzieło genueńskie z końca XVII wieku. Za ołtarzem jest chór zakonny z wyszukanymi, XVIII-wiecznymi, drewnianymi stallami i dużym, centralnym badalone (rodzaj obrotowego pulpitu), na którym leżały manuskrypty chorałowe, służące zakonnikom podczas śpiewu. Na sklepieniu prezbiterium widnieje Św. Wincenty w chwale, zaś na sklepieniu apsydy – Matka Boża Pocieszenia adorująca Syna, oba autorstwa Filippa Alessia z 1825 roku.