Zakrystia Drewniane drzwi z prawej strony prezbiterium prowadza do przedsionka zakrystii, w którym stoi duży krucyfiks procesyjny, dzieło przypisywane Bernardowi Schiaffino. W samej zakrystii znajdują się XVIII-wieczne meble i XVIII-wieczny ołtarz z obrazem Wręczenie paska św. Tomaszowi Apostołowi. W mensie ołtarzowej, gdzie dawniej umieszczony był fresk Perina del Vaga (obecnie w prezbiterium) znajdują się relikwie bł. Vaseraria, zakonnika augustiańskiego, umieszczone w XVII-wiecznym drewnianym sarkofagu. Zakrystia połączona jest przejściem z klasztorem.
Kaplica św. Augustyna i Madonny z Paskiem mały|Bernardo Schiaffino, Madonna ze św. Moniką i aniołami przekazująca pasek św. Augustynowi (XVIII w.) mały|Agostino Storace, Św. Mikołaj z Tolentino (ok. 1760–1770) mały|Domenico Fiasella, Święty Tomasz składający jałmużny Kaplica w prawym transepcie, dedykowana św. Augustynowi i Madonnie z Paskiem (Cappella di Sant’Agostino o della Madonna della Cintura) została zbudowana w 1718 roku przez Domenica Torre. Grupę rzeźbiarską Madonna ze św. Moniką i aniołami przekazująca pasek św. Augustynowi zrealizował w XVIII wieku Bernardo Schiaffino. Grupa umieszczona została w niszy pomiędzy dwiema parami spiralnych kolumn z czarnego marmuru z Portovenere. Dziełem Schiaffina są również putta pod mensą ołtarzową.