Na Wydziale Elektroniki i Technik informacyjnych pracował od 1965, w tym od 2000 jako profesor nadzwyczajny. Wykładał szereg przedmiotów na Politechnice Warszawskiej, a także, w latach 1973–1976, na Wydziale Matematyki i Mechaniki Teoretycznej Uniwersytetu Warszawskiego. Odbywał staże naukowe w Akwizgranie (1982–1983) i Darmstadt (1990). W latach 70. wchodził w skład kolegium Instytutu Podstaw Elektroniki PW jako przedstawiciel Polskiej Zjednoczonej Partii RobotniczejPolitechnika Warszawska. Skład osobowy, Warszawa 1973, s. 50.
Dorobek naukowy Do początków lat 80 XX w. Jerzy Szabatin zajmował się w szczególności lingwistyką matematyczną i teorią automatów, jak również teorią informacji, teorią obwodów oraz niezawodnością układów cyfrowych. Prowadził także badania nad automatami stochastycznymi. Po 1983 głównym tematem jego badań stała się teoria sygnałów. Prof. inż. J. Szabatin prowadził badania z dziedziny radiolokacji, współpracując z Radwarem oraz Przemysłowym Instytutem Telekomunikacji. W latach 1990–94 odpowiadał także za współpracę Instytutu Systemów Elektronicznych Politechniki Warszawskiej z Instytutem Problemów Sterowania Rosyjskiej Akademii Nauk.