W październiku 2018 samorząd województwa mazowieckiego wydzierżawił Muzeum kompleks Szpitala Dziecięcego Bersohnów i Baumanów na 30 lat. Oba budynki dawnego szpitala – pawilon główny i pawilon południowy – zostały w 2018 wpisane przez Mazowieckiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków na listę zabytków. Wystawa stała Muzeum prezentowana będzie w budynku głównym dawnego Szpitala, natomiast piętrowy pawilon południowy, gdzie dawniej mieścił się oddział okulistyczny, ma zostać siedzibą Działu Edukacji MGW.
W listopadzie 2020, w 80. rocznicę zamknięcia getta, samorząd województwa mazowieckiego sprzedał budynek muzeum za kwotę 22,7 mln zł (środki na ten cel przekazało Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego). Według informacji przekazanych „Rzeczpospolitej” przez rzeczniczkę muzeum w 2025 roku otwarcie stałej siedziby zaplanowano na wrzesień 2027, chociaż wcześniej jako termin zakończenia inwestycji podawano 2026 rok.
W 2020 Instytut Pamięci Narodowej wyraził zgodę na przekazanie egzemplarza Raportu Stroopa w formie depozytu na wystawę stałą Muzeum.