7 czerwca 1934 ogłoszono przeniesienie (w korpusie oficerów piechoty) kpt. Jana Stefana Witkowskiego z Korpusu Ochrony Pogranicza (pułk „Głębokie”) do 14 pułku piechoty z Włocławka. Przeniesienie to nastąpiło na mocy rozkazu Ministerstwa Spraw Wojskowych – Biura Personalnego z dnia 14 marca 1934 rokuBył to rozkaz Nr 3110-105/Piech.151/34.. We wrześniu 1934 pełnił funkcję dowódcy 2 kompanii ckm w II batalionie włocławskiego pułku. Na dzień 5 czerwca 1935 zajmował 849. lokatę łączną wśród kapitanów piechoty (była to jednocześnie 149. lokata w swoim starszeństwie). Angażował się w rozwój sportu – został członkiem zarządu Wojskowego Klubu Sportowego „Cuiavia” we Włocławku (w skład zarządu wchodzili również inni oficerowie 14 pp: kpt. Jan Fleischmann i por. Józef Koziński). Sekcja kajakarska „Cuiavii” była członkiem Polskiego Związku Kajakowców, a kpt. Witkowski był w niej jednym z trzech mianowanych przez PZKaj. przodowników (pozostałymi byli kpt. Jan Fleischmann i por. Józef Koziński). Na dzień 21 września 1936 zajmował stanowisko dowódcy I batalionu 14 pułku piechoty. Stefan Witkowski był członkiem Związku Legionistów Polskich, zajmował również stanowisko wiceprezesa Związku Przyjaciół HarcerstwaWBH, sygn. I.482.69-6210 VM, s. 3..