Awansowany do stopnia majora został ze starszeństwem z dniem 1 stycznia 1936 i 53. lokatą w korpusie oficerów piechoty. Na dzień 12 października 1937 nadal dowodził I batalionem włocławskiego pułku. Następnie został przeniesiony z 14 pp do 73 pułku piechoty z Katowic, na stanowisko dowódcy batalionu (od roku 1938 dowodził IV batalionem tegoż pułku). Na dzień 23 marca 1939 zajmował 48 lokatę wśród majorów korpusu piechoty w swoim starszeństwie i nadal pełnił funkcję dowódcy IV batalionu 73 pp.
Kampania wrześniowa W kampanii wrześniowej walczył jako dowódca IV batalionu 73 pułku piechoty wchodzącego w skład Grupy Fortecznej Obszaru Warownego „Śląsk” (był to specjalny IV batalion karabinów maszynowych, który w planach operacyjnych sztabu „Obszaru Warownego Śląsk” oznaczony był jako „batalion km. spec. II”). Ze swoim oddziałem toczył boje z Niemcami na wojennym szlaku Grupy Fortecznej. Dowodzony przez niego batalion stanowił w dniu 18 września straż przednią północnej kolumny wojsk Grupy Fortecznej płk. Wacława Klaczyńskiego przebijającej się na Bełżec. O świcie 19 września IV batalion podchodzący już pod Bełżec został zaskoczony ogniem z zamaskowanego czołgu i stracił 45 poległych, a major Jan Witkowski został ciężko ranny w brzuch.