Jednocześnie przygotował na konkurs projekt kanonierki pancernej „Galena”, który został 16 września 1861 roku wybrany do realizacji wraz z dwoma innymi projektami, a Bushnell otrzymał kontrakt na jego budowę. „Galena” w praktyce okazała się nieudana, ale Bushnell odegrał bardziej doniosłą rolę dla amerykańskiego programu budowy okrętów, gdy na początku września, poszukując konsultacji w sprawie „Galeny”, poznał wynalazcę Johna Ericssona, który przedstawił mu swój awangardowy projekt okrętu „Monitor”. Projekt ten wywarł na nim takie wrażenie, że Bushnell przekonał Ericssona do jego zgłoszenia na konkurs i osobiście zaangażował się w jego promowanie w komitecie do spraw okrętów pancernych, a także u prezydenta Lincolna, pomimo że stanowił potencjalną konkurencję dla jego propozycji. Okręt został zamówiony, a Bushnell wziął udział w ¼ w finansowaniu jego budowy, przed uzyskaniem pokrycia rządowego. „Monitor” okazał się sukcesem i wywarł decydujący wpływ na amerykańskie budownictwo okrętowe okresu wojny i bezpośrednio późniejsze. Bushnell otworzył także własną stocznię w Fair Haven (obecnie część New Haven).
W 1862 roku Bushnell został wybrany do legislatury stanu Connecticut.
Od 1863 roku Bushnell stał się jednym z organizatorów i głównym początkowym udziałowcem kolei Pacific Railroad.