Jednak już w 1648 został on przywrócony, a począwszy od 1659 inkwizytorzy madryccy zaczęli być tytułowani jako "inkwizytorzy trybunału dworskiego", co oznaczało przypieczętowanie wyodrębnienia się trybunału dworskiego ze struktury inkwizycji z Toledo. W tym samym roku nowy trybunał zorganizował swoje pierwsze auto da fe. Jednakże pierwsze samodzielne procesy wszczął już kilka lat wcześniej (w 1650/51). Mimo to bliskie więzi z Toledo trwały nadal, np. wielkie auto da fe odprawione w Madrycie w 1680 w obecności króla było formalnie przeprowadzone przez trybunał toledański, a aż do 1752 trybunał dworski nie dysponował własnym bractwem zauszników (familiares). Dopiero w 1752 inkwizytorzy z Madrytu i Toledo porozumieli się co do wyodrębnienia bractwa zauszników przypisanego do trybunału madryckiego.
W XVIII wieku trybunał dworski uchodził za najbardziej prestiżowy w całej inkwizycji hiszpańskiej, ze względu na swe bliskie związki z Supremą. Niektórzy z inkwizytorów byli jednocześnie radcami w Supremie. Jednocześnie trybunał bywał włączany w rozgrywki na dworze królewskim, czego przykładem może być proces Pablo Olavide w 1775-1778.