Trybunał w Madrycie został zniesiony po raz pierwszy w 1808 przez napoleońskiego króla Hiszpanii Józefa Bonaparte, co potwierdziły następnie hiszpańskie Kortezy w 1813. W 1814 król Ferdynand VII Burbon, po klęsce Napoleona, powrócił na tron i przywrócił inkwizycję, w tym jej trybunał madrycki. Jednak liberalna rewolucja w 1820 zniosła ją definitywnie.
Obszar jurysdykcji Jurysdykcja trybunału obejmowała wyłącznie miasto Madryt i jego najbliższe okolice.
Archiwum i statystyki z działalności Archiwum trybunału w Madrycie zostało zniszczone po zniesieniu tego trybunału w 1820. Wprawdzie obecnie w Narodowym Archiwum Historycznym w Madrycie znajduje się zbiór zatytułowany Tribunal de la Inquisición de Corte, jednak jest to jedynie niewielka kolekcja obejmująca wyłącznie fragmenty jego rejestrów finansowych i korespondencji. Dlatego historia trybunału w Madrycie odtwarzana jest głównie w oparciu o dokumentację z archiwum Rady Najwyższej i Generalnej Inkwizycji (tzw. Supremy) w Madrycie. Na podstawie tej dokumentacji hiszpański historyk Juan Blasquez Miguel skatalogował łącznie 1891 procesów prowadzonych przez madrycki trybunał w latach 1651-1819.