sam Emilij nie przejawiał talentu muzycznego. Wraz z bratem Aleksandrem Nikołaj grał w dziecięcej orkiestrze na skrzypcach. Zaczął komponować muzykę zanim poznał jej podstawy teoretyczne. Chodził do szkoły gramatycznej. Jako dwunastolatek starał się o przyjęcie do Konserwatorium Moskiewskiego, co udało się za wstawiennictwem wuja i nauczyciela muzyki w 1891 roku. Zagrał pierwszy studencki koncert w 1894 roku. Rozpoczął tamże następnie trzyletnie studia fortepianowe w 1896 roku. Początkowo uczył się u , a od 1897 u Wasilija Sapielnikowa oraz w latach 1898–1900 u Wasilija Safonowa. Prywatnie studiował także kompozycję u Antona Arienskiego i Siergieja Taniejewa, u obu uczył się także w moskiewskim konserwatorium. Jego pierwsze poważniejsze kompozycje powstały w latach 1896–1897, były to tzw. Stimmungsbilder, za sugestią Emilija oparte na motywach zaczerpniętych z poezji Michaiła Lermontowa. Nikołaj zakochał się w starszej od niego o trzy lata śpiewaczce Annie Bratenshi (ur. 1877, zm. 1965), która była siostrą żony jego brata Karla, skrzypaczki Eleny Bratenshi, pochodziła z rodziny żydowskiej. Emilij również kochał Annę, o czym wspominał w swoim dzienniku w latach 1897–1899, i to on ostatecznie ją poślubił.