Tõnisson jako publicysta stawiał sobie za cel umacnianie tożsamości narodowej Estończyków w kontrze zarówno do germanizacji, jak i rusyfikacji, mobilizował Estończyków do walki z ekonomiczną dominacją Niemców w guberni estońskiej. Swoje teksty kierował do inteligencji, zamożnego chłopstwa oraz do mieszczaństwa. Uważał, iż naród jest jednorodną grupą interesów, natomiast coraz popularniejsze w Estonii idee marksistowskie były obcym, niepasującym do tutejszych realiów konceptem.
W 1902 r. został radnym miejskim w Dorpacie. W tym samym roku utworzył Estońskie Towarzystwo Oszczędnościowo-PożyczkoweJ. Lewandowski, Historia..., s. 152..
Rewolucja 1905 r. Podczas rewolucji 1905–1906 r. środowisko skupione wokół Tõnissona domagało się od władz carskich wprowadzenia powszechnego prawa wyborczego, przeprowadzenia ograniczonej reformy rolnej i uznania języka estońskiego za urzędowy w sądach, szkołach ludowych i organach gminnych w guberni estońskiejJ. Lewandowski, Historia..., s. 147.. W listopadzie 1905 r. Tõnisson założył pierwszą w historii estońską partię polityczną, Estońską Ludową Partię Postępowców, programowo bliską partii kadetów, głoszącą potrzebę przekształcenia samodzierżawia w monarchię konstytucyjną, uznania praw narodowych Estończyków i parcelacji ziem państwowych i kościelnychJ. Lewandowski, Historia..., s. 148..