W dniu 26 listopada 1942 roku leciał jako pasażer samolotem Foster Wikner Warferry na pogrzeb jednego z czechosłowackich pilotów w 53 ośrodku szkolenia w Llantwit Major na terenie Walii. Z powodu złego stanu pogody samolot ten w pobliżu przylądka Penarth Point koło Cardiff wpadł w zaporę balonową, a następnie spadł do Kanału Bristolskiego. Zarówno pilot, jak i pasażer zginęli.
Po wydobyciu zwłok, Evžen Čížek został pochowany na cmentarzu wojskowym Brookwood pod Londynem.
Po zakończeniu II wojny światowej w dniu 1 lutego 1947 roku mianowany pośmiertnie podpułkownikiem, a 1 czerwca 1991 roku został awansowany na stopień pułkownika.
Awanse podporucznik (poručík) (1924)Awansy na podstawie publikacji Vojenské osobnosti československého odboje 1939-1945. porucznik (nadporučík) kapitan (kapitan) kapitan sztabowy (štábní kapitan) (1937) major (major) Squadron Leader (12.12.1940 – stopień RAF) Group Captain (30.09.1941 – stopień RAF) podpułkownik (podplukovník in memoriam) (01.02.1947 – pośmiertnie) pułkownik (plukovník in memoriam) (01.06.1991 – pośmiertnie)