Muharrem Bajraktari (ur. 15 maja 1896 w Ujmisht, zm. 21 stycznia 1989 w Brukseli) – albański polityk, pułkownik, powstaniec.
Życiorys Muharrem Bajraktari był lokalnym przywódcą plemiennym z Ujmisht w północno-wschodniej części okręgu Kukës. Po ukończeniu szkoły w Szkodrze kształcił się w akademii wojskowej w Innsbrucku. W czasie I wojny światowej służył w oddziałach albańskich, wspierających Austro-Węgry, pod koniec wojny współpracował z Serbami.
W 1919 roku dołączył do sił dowodzonych przez przyszłego króla Albanii Ahmeda Zogu. W 1924 roku pełnił funkcję komendanta żandarmerii w Kukësie, ale został usunięty z tego stanowiska przez Bajrama Curriego. W grudniu 1924 roku wziął udział w przewrocie i ponownym zdobyciu władzy w Albanii poprzez Ahmeda Zogu. W 1925 został mianowany dowódcą żąndarmerii w północno-wschodniej części kraju. W 1929 roku został mianowany komendantem głównym żandarmerii albańskiej. W 1934 roku został usunięty ze stanowiska komendanta. Jako przeciwnik włoskiej dominacji w Albanii próbował organizować niezależne struktury władzy w północnej części kraju, ale tych planów nie udało mu się zrealizować. 8 stycznia 1935 przekroczył granicę z Jugosławią, gdzie został rozbrojony i internowany.