Po kapitulacji Prenzlau 28 października 1806 roku Tauentzien dostał się do francuskiej niewoli. Niedługo później został z niej warunkowo zwolniony do znajdującego się w Charlottenburgu miejsca odosobnienia. Jednakże z powodu wyrażanej przez cesarza Napoleona Bonapartego dezaprobaty dla działalności militarnej Tauentziena w Ansbach i Bayreuth, 23 grudnia 1806 roku został on bez żadnego procesu i postawienia zarzutów osadzony w twierdzy Bitche. W kwietniu następnego roku Tauentzien miał zostać wymieniony na francuskiego generała z pruskiej niewoli. Wymiana miała odbyć się w Poznaniu, jednak na miejscu oznajmiono mu, że nie dojdzie ona do skutku. Tauentzien dalej więc pozostawał napoleońskim więźniem i został niedługo później umieszczony w zamku Fort de Joux w Jurze. 4 maja 1807 roku mianowano go generałem porucznikiem, o czym dowiedział się z francuskiej gazety. Po zawarciu pokoju w Tylży został przeniesiony do ośrodka dla jeńców wojennych w Nancy. Po 16 miesiącach pobytu w nim, w listopadzie 1808 roku wypuszczono go na wolność.