Król Fryderyk Wilhelm III postanowił zaangażować Tauentziena w reorganizację armii i powierzył mu dowództwo nad Brygadą Brandenburską w Berlinie. Objął tę funkcję w lutym 1809 roku, po powrocie z podróży, którą odbył z rodziną królewską do Petersburga na tamtejszy dwór. W związku z wyprowadzeniem dwa miesiące później przez jego podkomendnego, majora Ferdinanda von Schilla oddziału na północ Prus, Tauentziena oskarżono o niedopełnienie obowiązków i zwolniono ze stanowiska, na którym zastąpił go generał Ludwig August von Stutterheim. Po dokładnym śledztwie w sprawie incydentu, Tauentzien oficjalnym zarządzeniem z 21 lipca 1809 roku został przywrócony na funkcję dowódcy brygady, którą pełnił do 1811 roku, kiedy to po odejściu z czynnej służby wojskowej generała Blüchera został gubernatorem Pomorza.