II wojna światowa. Zagłada Żydów Po wkroczeniu Armii Czerwonej na Litwę i w czasie radzieckiej okupacji Litwy (1940-1941) w forcie znajdowało się więzienie przesyłowe NKWD, z którego osadzeni kierowani byli dalej do łagrów. mały|Rekonstrukcja celi we wnętrzu fortu W okresie okupacji niemieckiej (1941-1944) fort stał się miejscem masowych zbrodni na ludności żydowskiej. Pierwsza masowa egzekucja na jego terenie odbyła się 4 października 1941 r. W fortowych fosach rozstrzelano wówczas 315 mężczyzn, 712 kobiet i 818 dzieci wywiezionych z małego getta w Kownie. 29 października 1941 r. na zachodnich stokach fortu zamordowano 9200 Żydów z kowieńskiego getta, uznanych za niezdolnych do pracy, chorych i słabych, a także szczególnie liczne rodziny (2009 mężczyzn, 2920 kobiet i 4273 dzieci). Był to największy masowy mord w historii krajów bałtyckich dokonany jednego dnia. 25 listopada 1941 r. w forcie zamordowano 2934 niemieckich Żydów przywiezionych z Berlina, Frankfurtu i Monachium, zaś cztery dni później – dalsze dwa tysiące Żydów wywiezionych z Wrocławia i z Wiednia.