Wykonawcami egzekucji byli, pod niemieckim nadzorem, funkcjonariusze Litewskich Batalionów Pomocniczej Służby Policyjnej. mały|Miejsce masowych egzekucji dokonywanych przez nazistów niemieckich i ich litewskich kolaborantów 27 marca 1944 na terenie fortu rozstrzelano grupę 44 Żydów kowieńskich, a krótko po nich – 34 byłych funkcjonariuszy policji gettowej. W maju 1944 miała miejsce ostatnia masowa egzekucja w forcie IX – rozstrzelanie ok. 200 Żydów francuskich wywiezionych z obozu w Drancy. Atlas Holokaustu na Litwie szacuje, iż łącznie na terenie IX fortu zamordowanych zostało 30 tys. osób.
W nocy z 25 na 26 grudnia 1943 grupa 64 więźniów, zmuszanych wcześniej do pracy przy paleniu zwłok ofiar poprzednich egzekucji, zdołała uciec z fortu, a następnie dołączyć do oddziałów partyzanckich.
Okres powojenny thumb|Pomnik W pierwszych latach po II wojnie światowej w forcie IX ponownie znajdowało się więzienie. Następnie w latach 1948–1958 budynki użytkowało gospodarstwo rolne. W 1958 r. w forcie utworzono muzeum. Pierwsza ekspozycja muzealna zajmowała cztery pomieszczenia fortu. Badania w miejscach egzekucji i zbiór dalszych eksponatów przeprowadzono w latach 60.