Dzięki temu, że serial otrzymał siódmy sezon, jeszcze w trakcie zdjęć do szóstego, pozwoliło to na zakończeniu sezonu cliffhangerem, który ma być wyjaśniony w kolejnym sezonie. Showrunnerzy uznali również, że mniejsza liczba odcinków, nie wymusza na nich dzielenia sezonu na moduły, tylko pozwala na zamknięcie całej historii w jednym sezonie. Sekwencje w kosmosie rozwijają wątek Konfederacji rozpoczęty w piątym sezonie. Natomiast na Ziemi agenci zmagają się z anomaliami i odbudową T.A.R.C.Z.Y. po śmierci Coulsona pod nowym dowództwem Macka.
Whitney Galitz, która zajmuje się kostiumami, postanowiła zmienić wygląd Quake inspirując się tym, jaki został pokazany w filmie animowanym Marvel Rising: Secret Warriors.
Casting Po finale piątego sezonu, kiedy zasugerowano śmierć Phila Coulsona, odtwarzający jego postać Clark Gregg poinformował, że jest zainteresowanie ze strony twórców, aby pojawił się on w kolejnym sezonie. Aktor przyznał, że nie wie na czym miałaby polegać jego rola.