Ścianę wokół portalu głównego oraz pas, w którym znajdują się monoforia zdobi motyw skontrastowanych kolorystycznie rombów, wykonanych z cegły i białego piaskowca.
Wnętrze Korpus nawowy kościoła San Francesco ma długość 64 m. Jego obecny wygląd jest rezultatem przebudowy z 1739 roku. Nawa główna składa się z pięciu przęseł. Została przekryta jedynie drewnianą więźbą dachową. Nawę główną oddzielają od naw bocznych szerokie arkady, których łuki są pośrednie między łukiem pełnym, a ostrołukiem. Arkady zostały oparte na masywnych, okrągłych w przekroju kolumnach z barokowymi kapitelami. Nawy boczne mają sklepienia krzyżowe. Przy ich ścianach urządzono kaplice. Transept, nie wystający poza linię ścian bocznych, ma również sklepienie krzyżowe. Prezbiterium, na planie kwadratu, jest flankowane dwiema kaplicami. W kościele zostali pogrzebani: Facino Cane, Isabela de Valois, małżonka Gian Galeazza Viscontiego, Manfredo V di Saluzzo i Baldo degli Ubaldi, znany prawnik, kodyfikator Statutów Pawii. W ścianie lewej nawy widnieją dwie wmurowane płyty nagrobne, pierwotnie umieszczone na posadzce, przedstawiające braci zakonnych: Francesca Mangano (zmarłego w 1469 roku) i Francesca della Somalia (zmarłego w 1508 roku w wieku 105 lat).