Prezbiterium W ołtarzu głównym znajduje się posąg św. Franciszka, obramowany wykwintnymi, XVIII-wiecznymi wolutami. XV-wieczny, drewniany krucyfiks, przypisywany Baldinowi da Surso, pochodzi z kaplicy bocznej, podobnie jak freski na ścianach, Maryja z Dzieciątkiem i Ofiarowanie Pańskie. Drewniane stalle, zbudowane około 1484 roku przez braci Donati, składają się z 28 krzeseł, ozdobionymi motywami roślinnymi.
Kaplica Niepokalanego Poczęcia mały|240px|Vincenzo Campi, Św. Mateusz i anioł, 1588 Kaplicę poświęconą Dziewicy Maryi w północnym ramieniu transeptu zbudowało Bractwo Niepokalanego Poczęcia. Prace pod kierunkiem architekta Giovanniego Ruggeriego rozpoczęły się w 1732 roku i trwały około 10 lat. Kopuła, zaprojektowana przez Antonia Longone, została udekorowana freskami przez Antonia Magattiego. W 1777 roku ukończono marmurowy ołtarz według projektu markiza Luigiego Malaspiny. Obraz ołtarzowy namalował Bernadino Ciceri. Stojące obok ołtarza dwa pozłacane, drewniane posągi przedstawiają Niewinność i Czystość.