Kaplica św. Franciszka z Asyżu, św. Franciszka di Paola i św. Franciszka Salezego Kaplica św. Franciszka z Asyżu, św. Franciszka di Paola i św. Franciszka Salezego została zwieńczona początku XVII wieku kopułą z latarnią. Wnętrze kaplicy nadal zdobią dekoracje związane ze św. Franciszkiem z Asyżu. Na bocznych pilastrach widnieją franciszkańscy święci: Antoni Padewski i Klara. Obraz ołtarzowy, Św. Franciszek di Paola ukazujący się św. Franciszkowi Salezemu, pochodzi ze zniesionego kościoła San Francesco di Paola.
Kaplica św. Szczepana Kaplicę św. Szczepana, ufundowana przez rodzinę Beccaria, zdobi obraz ołtarzowy przedstawiający Ukamienowanie św. Szczepana. Flankują go obrazy Św. Franciszek i Św. Antoni Padewski. Freski, odkryte w 2001 roku, a datowane na lata 1576-1587 i przedstawiają sceny z życia św. Szczepana. Na sklepieniu, w owalnej ramie, znajduje się wyobrażenie Trójcy Świętej.
Kaplica św. Mateusza Kaplica św. Mateusza związana jest z Matteo Beccarią, zmarłym w 1547 roku i tu pochowanym razem z małżonką, Margheritą Borromeo. Obraz ołtarzowy, Św. Mateusz i anioł, namalował Vincenzo Campi w 1588 roku.