W powstaniu listopadowym mały|W noc listopadową 1830 r. uwolniono więźniów politycznych przetrzymywanych w klasztorze karmelickim na Lesznie w Warszawie. Pomiędzy uwolnionymi znajdował się Jan Bartkowski. Wolność odzyskał w wyniku wypadków nocy listopadowej. Bezpośrednio po opuszczeniu murów klasztornego więzienia, Bartkowski przyłączył się do ludu szturmującego Arsenał. W kolejnych dniach wstąpił do akademickiej Gwardii Honorowej; był także w oddziale wojskowym wysłanym w grudniu 1830 do Modlina dla zajęcia tamtejszej twierdzy. Następnie służył w 1 Pułku Ułanów, w którym awansował do stopnia podoficerskiego (od 11 kwietnia 1831 w stopniu wachmistrza).
Brał udział w bitwach pod Stoczkiem i Nową Wsią – obie zwycięskie batalie grupa ułanów, w skład której wchodził Bartkowski, uczciła m.in. splądrowaniem piwnicy-winiarni w Kozienicach, własności miejscowego Żyda, i konsumpcją zrabowanego stamtąd alkoholu. W dalszych miesiącach Bartkowski walczył m.in. pod Kurowem (3 marca), uczestniczył w wyprawie gen. Józefa Dwernickiego na Wołyń, brał udział w bitwie pod Boremlem (18–19 kwietnia). Za postawę w tej bitwie został odznaczony przez gen. Józefa Dwernickiego Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari (24 kwietnia).