Objawy i przebieg Do 80% zakażonych nie przejawia objawów. W pozostałych przypadkach okres inkubacji trwa od 2 do 9 tygodni. Obraz kliniczny przypomina wirusowe zapalenie wątroby typu A: na początku pojawiają się nudności i gorączka, po czym występują wymioty, powiększenie wątroby, bóle brzucha, brak łaknienia i złe samopoczucie. Zakażenie HEV 1 i 2 częściej prowadzi do żółtaczki niż zakażenia genotypami 3 i 4, które przebiegają łagodniej. Niekiedy u osób z zaburzoną odpornością może dojść do nadostrej niewydolności wątroby.
Przewlekłe wirusowe zapalenie wątroby typu E W sytuacji zakażenia HEV 3 i przy obecności czynników ryzyka (np. immunosupresji) może dojść do zakażenia przewlekłego. Zazwyczaj jest ono bezobjawowe, ale może wystąpić zmęczenie, gorączka, żółtaczka i ból brzucha. W jego przebiegu może dojść do postępującej niewydolności wątroby, marskości i nadciśnienia wrotnego.
Rozpoznanie Najczulszą metodą diagnostyczną jest próba wykrycia RNA wirusa w kale lub krwi za pomocą PCR, natomiast podstawą rozpoznawania choroby jest wykrywanie przeciwciał z klas IgG i IgM skierowanych przeciwko HEV z użyciem testów ELISA. Chorobę należy różnicować z innymi wirusowymi zapaleniami wątroby.