Pentamidyna () – wielofunkcyjny organiczny związek chemiczny, działający przeciwko pierwotniakom z gatunków Trypanosoma gambiense i Trypanosoma rhodesiense i z rodzaju Leishmania oraz grzyby z gatunku Pneumocystis jiroveci (dawniej uznawane za pierwotniaki z gatunku Pneumocystis carinii).
Mechanizm działania Mechanizm działania pentamidyny nie jest dokładnie poznany, prawdopodobnie wpływa na przemiany kwasu deoksyrybonukleinowego i kwasu foliowego oraz syntezę kwasu rybonukleinowego i białek. Okres półtrwania leku w osoczu krwi po podaniu domięśniowym wynosi 9,4 h, po dożylnym 6,2 h, natomiast po podaniu wziewnym wynosi 10–30 dni w płynie oskrzelowo-pęcherzykowym.
Zastosowanie pneumocystoza, leiszmanioza skórna, śpiączka afrykańska spowodowana przez świdrowica gambijskiego, zapobieganie pneumocystozy u pacjentów zakażonych ludzkim wirusem niedoboru odporności (HIV), którzy przebyli pneumocystodozę lub mają w krwi obwodowej liczbę limfocytów CD4+ < 200/mm³ Pentamidyna znajduje się na wzorcowej liście podstawowych leków Światowej Organizacji Zdrowia () (2015).
Pentamidyna nie jest dopuszczona do obrotu w Polsce (2018).