Pomimo osiągnięcia największego wówczas sukcesu w dziejach zespołu, Sanguinetti został zwolniony z Delfína już w kwietniu 2018 w wyniku różnic poglądów z prezydentem klubu.
Dwa tygodnie później Sanguinetti został trenerem kolejnej ekwadorskiej drużyny – tym razem Deportivo Cuenca. Prowadził ją tylko przez nieco ponad miesiąc, po czym w czerwcu 2018 opuścił zespół na rzecz czołowego kolumbijskiego klubu Independiente Santa Fe. Pierwszy sezon jego drużyna zakończyła na przeciętnym, ósmym miejscu w tabeli, a z decydujących o tytule play-offach odpadła już w ćwierćfinale, co zostało odebrane w klubie jako rozczarowanie. Równocześnie Santa Fe dysponował najlepszą obroną w lidze kolumbijskiej (13 straconych goli w 19 meczach), a bardzo dobry wynik podopieczni Sanguinettiego zanotowali w turnieju Copa Sudamericana 2018, docierając aż do półfinału. Nie wystarczyło to jednak, by spełnić stawiane przed nim oczekiwania, zaś po słabym początku kolejnego sezonu (4 mecze bez zwycięstwa i kiepska pod dłuższego czasu gra drużyny) kibice zaczęli domagać się jego odejścia. Ostatecznie odszedł z klubu w lutym 2019 za porozumieniem stron.