W tym okresie, jak i po wojnie, szkolił wielu doktorów z Brytyjskiej Wspólnoty Narodów.
Śmierć Gillies doznał zakrzepicy zatok żylnych mózgu w wieku 78 lat w czasie przeprowadzania operacji na nodze osiemnastoletniej dziewczyny 3 sierpnia 1960. Zmarł siedem dni później w The London Clinic na ulicy 20 Devonshire Place w dzielnicy Marylebone. Pomimo zarabiania w przybliżeniu 30 tys. funtów rocznie w okresie międzywojennym, zostawił majątek zaledwie 21 161 funtów.
Życie prywatne Gillies ożenił się z Kathleen Margaret Jackson 9 listopada 1911 w Londynie. Mieli czwórkę dzieci. Jego najstarszy syn, John Gillies, latał Spitfire'ami w Dywizjonie 92 w czasie II wojny światowej. John został zestrzelony nad Francją 23 maja 1940 i stał się jeńcem wojennym przez resztę wojny. Najmłodszy syn Gilliesa, Michael Thomas Gillies, poszedł w ślady ojca i studiował medycynę. Aktor Daniel Gillies jest jego potomkiem.
Przez wiele lat mieszkał na ulicy 71 Frognal w sercu londyńskiej dzielnicy Hampstead. Niebieska tablica na przodzie jego domu upamiętnia jego życie i pracę. W 2015 Kolegium Gonville’a i Caiusa wybudowało dwanaście domów i nazwało ulicę, na której były usytuowane – Harold Gillies Close – na jego cześć.