Entrez

thumb|500px|

Entrez globalni sistem pretraživanja za više baza podataka je federirani pretraćivač, pokretač ili web portal koji omogućava korisnicima da pretražuju mnoge diskretne baze podataka zdravstvenih nauka u Nacionalnom centru za biotehnološke informacije ( Web stranica NCBI). NCBI je dio Nacionalne biblioteke za medicinu (NLM) Sjedinjenih Država, koji je i sam odjel Nacionalnih instituta zdravstva (NIH), je dio Odjela za zdravstvo i socijalne usluge Sjedinjenih Država. Ime "Entrez" (pozdrav koji na francuskom znači "uđite") odabrano je da odražava duh dobrodošlice javnosti da pretražuje sadržaj dostupan od NLM-a.

Entrez Global Query je integrirani sistem pretraživanja i pronalaženja koji omogućava pristup svim bazama podataka istovremeno s jednim nizom upita i korisničkim interfejsom. Entrez može učinkovito dohvatiti povezane sekvence, strukture i reference. Entrez sistem može pružiti prikaz sekvenci gena i proteina i hromosomskih mapa. Putem sistema Entrez, na mreži su također dostupni i neki udžbenici.

Odrednice Početna stranica Entreza pruža, prema zadanim postavkama, pristup globalnom upitu. Sve baze podataka koje indeksira Entrez mogu se pretraživati putem jednog niza upita, podržavajući logičke operatore i oznake pojmova za pretraživanje, kako bi se dijelovi izraza za pretraživanje ograničili na određena polja. Ovo vraća objedinjenu stranicu rezultata, koja prikazuje broj pogodaka za pretraživanje u svakoj od baza podataka, koje su ujedno i veze do stvarnih rezultata pretraživanja za tu određenu bazu podataka.

Entrez također nudi sličan intrfejs za pretraživanje svake pojedine baze podataka i za prečišćavanje rezultata pretraživanja. Funkcija Limits omogućava korisniku da suzi pretraživanje interfejsa web obrazaca. Funkcija History daje numeriranu listu nedavno izvršenih upita. Rezultati prethodnih upita mogu se pozvati brojevima i kombinirati putem logičkih operatora. Rezultati pretraživanja mogu se privremeno spremiti u međuspremnik. Korisnici s MyNCBI računom mogu neograničeno spremati upite, a također se odlučuju za slanje ažuriranja s novim rezultatima pretraživanja za spremljene upite većine baza podataka. Široko se koristi na polju biotehnologije, kao referentni alat za studente i profesionalce.

Baze podataka Entrez pretražuje sljedeće baze podataka:

PubMed: citati i sažeci iz biomedicinske literature, uključujući Medline – članke iz (uglavnom medicinskih časopisa, često uključujući i sažetke. Veze do PubMed Central i drugih izvora u punom tekstu nalaze se za članke iz 1990-ih. PubMed Central: besplatni članci u cijelom tekstu Pretraživanje web mjesta: NCBI web i FTP web stranice Knjige: knjige na mreži Onlajn mendelovsko nasljeđivanje kod čovjeka (OMIM) Nukleotid: baza podataka o sekvencama (GenBank) Protein: baza podataka o proteinski sekvencama Genome: potpune sekvence i mapiranje ljudskog genoma Structure: trodimenzijske makromolekulske strukture Taxonomy: organizmi u taksonomiji GenBank dbSNP: Jednonukleotidni polimorfizmi Gene: gene-centered information HomoloGene: eukariotske grupe homologa PubChem Spoj: jedinstvene male molekulske hemijske strukture PubChem supstanca: pohranjene evidencije o hemijskim supstancama Genome Project: informacije o Projektu ljudskog genoma UniGene: gensko orijentirani klasteri sekvenci transkripata Baza podataka konzerviranih domena proteina (CDD) PopSet: skupovi podataka o populacijskoj studiji (epidemiologija)GEO Profili: profili ekspresije i molekulske zastupljenosti GEO DataSets: experimental sets of GEO data Arhiva čitanja sekvenci: podaci o sekvenciranju velikog protoka Hromosomi kancera: citogenetičke baze podataka PubChem BioAssay: ekrani bioaktivnosti hemijskih supstanci Probe: reagensi specifični za sekvencuNLM Katalog''': NLM bibliografski podaci za preko 1,2 miliona časopisa, knjiga, audiovizualnih materijala, računarskog softvera, elektronskih izvora i drugih materijala koji se nalaze u LocatorPlus-u (ažurira se svakog radnog dana).

Pristup Pored upotrebe obrazaca pretraživača za traženje podataka u Entrezu, NCBI pruža i uslužne programe za primjenu u Entrez (eUtils) za direktniji pristup rezultatima upita. Pristupaju eUtil-ima objavljivanjem posebno formiranih URL-ova na NCBI poslužitelju i raščlanjivanjem XML odgovora. Postojao je i eUtils SOAP, interfejs koji je ukinut jula 2015.

Historija

U 1991., Entrez je predstavljen u CD obliku, a 1993. verzija klijenta i servera omogućila je povezanost s Internetom. NCBI je 1994. osnovao web stranicu, a Entrez je bio dio ovog početnog izdanja. U 2001. izlazi „Polica za knjige“ (Bookshelf'') Entrez, a 2003. razvijena je baza podataka Entrez Gene .

Reference

Vanjski linkovi Entrez search engine form Entrez Help

Kategorija:Internet Kategorija:Baze podataka Kategorija:Bioinformatika Kategorija:Servisi naučnih pretraživanja