Alfa-1-B glikoprotein je protein od 54,3 kDa, koji je kod ljudi kodiran genom A1BG. Protein koji je kodiran ovim genom je glikoprotein plazme, nepoznate funkcije. Ispoljava sličnost sekvence sa varijabilnim regionima nekih porodica imunoglobulinskih supergena. Pacijenti koji imaju duktusni adenokarcinom pokazuju prekomjernu ekspresiju A1BG u soku gušterače.

Gen Susjedstvo

A1BG se nalazi na negativnom lancu DNK hromosoma 19 od 58,858.172 - 58,864.865. baznog para Pored toga, A1BG se nalazi neposredno uz gen ZSCAN22 (58,838.385-58,853.712) na pozitivnom lancu DNK, kao i genski ZNF837 (58,878.990 - 58,892.389 komplement) i ZNF497 (58865723 - 58,874,214, komplement) na negativnom polulancu.

Ekspresija

A1BG se eksprimira na visokim nivoima kod odraslih i fetusnoj jetri. Pored toga, mliječna žlijezda pokazuje otprilike upola manje ekspresije nego uživo. Tragovi ekspresije A1BG mogu se naći u krvi, mozgu, plućima, limfnom čvorovima, jajnicia, sjemenicima, gušterači. Jetreni tumori ispoljavaju povišenu razinu transkripata A1BG-a.

iRNK

Struktura iRNK

Gen A1BG sadrži 20 različitih introna. Transkripcija proizvodi 15 različitih iRNK, 10 alternativno prerađenih varijanti i pet neprerađenih obrazaca. Postoje četiri vjerovatne alternative promotora, četiri alternativna posljednja egzona i sedam potvrđenih alternativnih ćelijskih poliadenilacija. Čini se da se iRNK razlikuju skraćivanjem 5'kraja, skraćivanje 3'kraja, prisustvo ili odsustvo četiri kasetna egzona, preklapanje egzona s različitim granicama, prerada nasuprot zadržavanju tri introna.

Protein

Svojstva

Program statističke analize proteina (SAPS) San Diego Super Computer utvrdio je da alfa-1B glikoprotein ima 495 aminokiselinskih ostataka, izoelektričnu tačku 5,47 i molekulsku masu 54,3 kDa. Pored toga, predloženo je da u alfa-1B glikoproteinu ne postoje transmembranski domeni. Prema NCBI, aminokiselinska sekvenca MLVVFLLLWGVTWGPVTEA je signalni peptid na N-kraju proteina, koji može funkcionirati kao signal za unos u endoplazmatski retikulum.

Post-translacijske modifikacije

Program NetAcet 1.0 izračunao je da prvih pet aminokiselinskih ostataka služi kao mjesto N-acetilacije. NetGlycate 1.0 program predicted that the lysines located at residue 78, 114, and 227 serve as glycation points. The NetNES 1.1 program predicted the leucine at residue 47 to be a nuclear export signal. Program NetNGlyc 1.0 predvidio je četiri mjesta N-glikozilacije – od kojih su dvije vrlo konzervirane interno ponovljene sekvence. Program NetCGlyc1.0 predvidio je da nijedan ostatak triptofana ne služi kao mjesto C-manozilacije.

Proteinske interakcije Udby et al. realizirali su studiju u kojoj supokazali su da je sekretorni protein bogat cisteinom 3 ligand alfa-1B glikoproteina u ljudskoj plazmi i sugeriraju da kompleks A1BG-CRISP-3 ima sličnu funkciju u zaštiti cirkulacije od potencijalno štetnog učinka slobodnog CRISP-3.

Homologija

Ortolozi Uz donju tabelu ispod, alfa-1B glikoprotein je također konzerviran u krebastog bjeloobraznog gibona, babuške, bolivijskog vjeveričastog majmuna, ovaca, pasa, divlje svinje, kineske verirovke, kineskog hrčka, crne leteće lisice, zeca, zamorčića, gigantske pande, krava, pacova i golog krtičastog pacova. Pored toga, vrlo je vjerojatno da se A1BG dalje konzervira u cijelom kladusu sisara. Rod Vrsta Uobičajeno ime organizma Divergencija od ljudu (milioni godina) Pristupni broj proteina u NCBI Identitet sekvence Dužina proteina Uobičajeno ime gena Homo sapiens Ljudi -- NP_570602 100% 495 A1BG Pan troglodytes Obični čimšanza 6,2 XP_001146669 97,0% 501 PREDVIĐENO: Alfa-1B-glikoprotein izoforma 4 Pan paniscus Bonobo 6.3 XP_003816677 97.0% 499 A1BG Gorilla gorilla gorilla Gorila 8.8 XP_004061652 95.0% 275 PREDVIĐENO: alfa-1B-glikoprotein Pongo abelii Sumatranski organutan 15,7 XP_002829953 95,0% 495 Alfa-1B-glikoproteinska izoforma 1 Macaca mulatta Rezus majmun 29.0 XM_001101821 88.0% 351 Hipotetski protein EGK_11172, parcijalno Callithrix jacchus Marmozet 42,6 XP_002762619 83,0% 500 A1BG Mus musculus Miš 91,0 NP_001074536 44,0% 512 Alfa-1B-glikoproteinski prekursor Felis catus Mačka 94.2 XP_003997399 62.0% 481 PREDVIĐENO: alfa-1B-glikoprotein Equus caballus Konj 97,4 XP_001495344 58,0% 568 PREDVIĐENO: alfa-1B-glikoprotein-oliki Loxodonta africana Afrički grmasti slon 104,7 XP_003406722 61,0% 520 PREDVIĐENO: alfa-1B-glikoprotein-oliki

Paralozi

Za alfa-1B glikoprotein nisu pronađeni paralozi.

Homologni domeni

Početno NCBI BLAST poravnanje alfa-1B glikoproteina ilustrira da se protein uglavnom sastoji od tri imunoglobulinska domena. Postoji veliki segment aminokiselina sa položaja 297 do 400 za koji je nije pokazano da jw domen imunoglobulina. Međutim, NCBI BLAST poravnanje samo aminokiselina od 297 do 400 ilustrira da je potonja sekvenca zaista četvrti domen imunoglobulina. Konačno, čini se da se alfa-1B glikoprotein prvenstveno sastoji od četiri domena imunoglobulina.

Klinički značaj

Nefrotski sindrom otporan na steroide Alfa-1-glikoprotein je 11 puta povećan u urinu pacijenata koji imaju nefrotski sindrom rezistentan na steroide. A1BG je bio prisutan kod 7/19 pacijenata sa SRNS-om i nije bio prisutan kod svih pacijenata sa steroidno osjetljivim nefrotskim sindromom. Fragment A1BG od 13,8 kDa imao je veliku diskriminacijsku moć za steroidnu rezistenciju u dječjem nefrotskom sindromu, ali prisutna je samo u podskupini pacijenata.

Reference

Vanjski linkovi

Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Geni na hromosomu 19