C11orf16 otvorenog okvira čitanja 16 hromosoma 11 je protein koji je kod ljudi kodiran genom C11orf16.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 467 aminokiselina, sa sedam egzona, a molekulska težina 51.609 Da..
1020304050 MESSTGPRMPLLKYCSVATSLKAPGWDGAAPPWDLSFTYPFALQAPWLTG HKPLARHASSCPCLHVADPAWQGPGWLGRAGDAANTWVLARREADGFYYR AQIKATPELERQGVLLVEFEAPLVAGPKLPAQQQRVVLEEDVIPLSPSVG YSLRPGDKVLALWEPGQQQYGPGTVLLGLEMRDPQRASKEKEITVHFWNG KAAKVPLGGVQSVSLTIWKKAVERLHKSFTREHPRPLHWAPCCSLLGPIT GRITNELPPDAPFLCPLCHHHACCQLLCQGCLCGCPPCGTTWWPLTRTSE VMARELPELEPTAQLLPLEGPKEEKVAMHAPLAVSSSSSSSCEQDGVEND LEMGPPQRLMVNSAVNTDPIFLEMPLRQSGLCQPEWRYWKRNGPEPCLGK PGTRYSNICKEEKDHKQQRAQTAVVGTTKELVSKATHMKPPRTPPGEAEH RKRSQSLAICQWNKNSR
Gen Gen C11orf16 nalazi se na hromosomu 11 (p15.4), počevši od 8,920.076 bp i završavajući na 8,933.006 bb. thumb|center|458x458px
U susjedstvu su mu geni ASCL3 i AKIP1 na hromosomu 11.
Ekpresija Ljudski Gen nema visoku ekspresiju u testiranim tkivima. Rang percentila u uzorku veći je u gušterači, jajnicima i slijepom crijevu. thumb|center|510x510px|Ekspresija C11orf16 u ljuskim tkivima prema profilu NCBI GEO
Mišji mozak Iako gen nema značajnu visoku ekspresiju u mišjem mozgu, najizraženiji je u srednjem mozgu, izokorteksu, mirisnim područjima i meduli.
Transkripcijski faktori Neki transkripcijski faktori koji imaju veću sličnost matriksa su protein cinkovog prsta nalik Kruppelu, protein prsta cinka 263, ZKSCAN12 (protein cinkovog prsta s KRAB i SCAN domenima 12), horionski specifični transkripcijski faktor GCMa i protein koji reagira na Ras element 1.
iRNK Izoforma Predviđena varijanta transkripta C11orf16 X1 duga je 2386 bp i ima pristupni broj NCBI od XM_017018013.1.
Homologija Paralozi Nisu pronađeni paralozi za gen C11orf16 putem NCBI BLAST-a.
Ortolozi Vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj ID za NCBI Naziv upita E-vrijednost Identititet Datiranje divergencije (milioni godina) Homo sapiens Čovjek NP_065694.2 100 % 0 100% N/A Pongo abelii Sumatranski orangutan PNJ24628 84% 0 95% 15,2 Aotus nancymaae Nancy Main noćni majmun XP_012312127.1 88% 0 84% 42,6 Chinchilla lanigera Dugorepa činčila XP_013367496.1 97% 0 68% 88 Equus przewalskii Przewalskijev konj XP_008512245.1 98% 0 73% 94 Cervus elaphus hippelaphus Centralnoevropski crveni jelen OWK17675.1 99% 0 67% 94 Hipposideros armiger Veliki okruglolisti šišmiš XP_019511755.1 99% 0 65% 94 Neomonachus schauinslandi Havajski pečatni monah XP_021541375.1 99% 0 66% 94 Lipotes vexillifer Baiji XP_007459933.1 98% 0 68% 94 Myotis brandtii Brandtov šišmiš XP_005874017.1 98% 1e-174 67% 94 Chelonia mydas Zelena morska kornjača XP_007057171.1 83% 1e-57 37% 320 Balearica regulorum gibbericeps Siva krunasta žaba XP_010311948.1 70% 6e-5 40% 320
Konzervacija Gen C11orf16 konzerviran je u mnogim životinjskim vrstama, uključujući sisare, ptice i gmizavce. thumb|Poravnavanje višestrukih sekvenci prikazuje konzerviranost gena C11orf16 | centar | 272x272px
Protein
Molekulska težina Predviđena molekularna težina proteina kodiranog C11orf16 je 51 kilodaltona.
Domeni i motivi Pronađeno je nekoliko proteinskih domena i motiva, uključujući protein sličan CHD5, tirozin-kinazno mjesto fosforilacije, mjesto fosforilacije protein-kinaze C, mjesto N-miristoilacije, mjesto fosforilacije kazein-kinaze II i mjesto fosforilacije protein-kinaze zavisno od cGMP. Lokacija motiva prikazana je na slici. thumb|241x241px| Predviđeni motivi C11orf16 prikazani su u bojama odgovarajućih aminokiselina
Sekundarna struktura Predviđa se da će protein biti sačinjen od 21,2% alfa-heliksa, 15,2% produžene niti i 63% upredene zavojnice. thumb|200px| Sekundarna struktura proteina C11orf16
Posttranslacijske modifikacije Nema transmembranskih spirala, potencijalnih GPI-modifikacijskih mjesta ili TM-proteina. Nađeno je po sedam predviđenih mjesta sumoilacije i multiplih mjesta fosforilacije, od kojih je većina neodređena, i devet mjesta glikozilacije. thumb|Posttranslacijska modifikacija proteina C11orf16|257x257px
Subćelijski lokalizacijski prediktor Predviđa se da će protein biti lokaliziran u jedru, s vjerovatnoćom od 47,8%; mitohondrijama s vjerovatnoćom 26,1%.
Proteinska interakcija Utvrđeno je da su proteini C1orf105 (otvoreni okvir čitanja 105 hromosoma 1), PWWP2A i SMYD1 (SET i MYND domen koja sadrži 1) u interakciji sa C11orf16.
Klinički značaj Pridruženje bolesti Također se predviđa da protein kodiran genom C11orf16 ima 19,61% identičnosti sekvence sa supresor tumorski, p53-veznim proteinom, što sugerira da bi ovaj gen mogao biti uključen u proces suzbijanja tumora.
Reference
Vanjski linkovi
C11orf16 information on GeneCards
Dopunska literatura
__FORCETOC__
Kategorija:Geni na hromosomu 11 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika