C11orf49 je gen koji kod ljudi kodira protein C11orf49. Jako je eksprimiran u moždanom tkivu i monojadarnim ćelijama periferne krvi, pri čemu su potonje važne komponente imunskog sustema. Predviđeno je da protein C11orf49 djeluje kao kinaza, te je pokazano da je u interakciji s HTT-om (određujuči proteina za Huntingtonovu bolest) i APOE2 (protein rizika za Alzheimerovu bolest). __TOC__
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 331 aminokiselina, a molekulska težina 37.353 Da.
1020304050 MLSPERLALPDYEYLAQRHVLTYMEDAVCQLLENREDISQYGIARFFTEY FNSVCQGTHILFREFSFVQATPHNRVSFLRAFWRCFRTVGKNGDLLTMKE YHCLLQLLCPDFPLELTQKAARIVLMDDAMDCLMSFSDFLFAFQIQFYYS EFLDSVAAIYEDLLSGKNPNTVIVPTSSSGQHRQRPALGGAGTLEGVEAS LFYQCLENLCDRHKYSCPPPALVKEALSNVQRLTFYGFLMALSKHRGINQ ALGALPDKGDLMHDPAMDEELERLLAQVPGLVNSVTASPEASCLPSRTPP RVGSPWRPLHHSRKVDGESDGSTEETDESET
Gen C11orf49 se nalazi u lokusu p11.2 na ljudskom hromosomu 11, sa plus orijentacijom. Dugačak 224.830 bp, uključujući introne, a i proteže se od položaja 46,936.806 do 47,161.635 .
Poznati alijasi ovog gena su UPF0705, FLJ22210 i MGC4707.
Varijante transkripta Postoji sedam poznatih varijanti transkripta za iRNK C11orf49, s varijantom 2 koja kodira najkompletniji protein. Varijanti 1 nedostaje 3 'UTR, što rezultira skraćenim 3' terminalom u odnosu na varijantu 2. Varijanta 3 na 3 'kraju sadrži mjesto alternativne prerade, kojem nedostaje unutrašnja regija blizu 3' terminala, u usporedbi sa varijantom 2. Varijanta 4 ima alternativni 3 'terminalni egzon, što rezultira skraćenim 3' terminalom u odnosu na varijantu 2. Varijanti 5 nedostaje egzon u 5' kodirajućoj regiji što rezultira uzlaznim start kodonom, i ima alternativno mjesto prerade u blizini područja 3 '. Ovo rezultira različitim N-terminalom i nedostajućom unutrašnjom regijom u blizini 3 'terminala u odnosu na varijantu 2. Varijante 6 i 7 su predstavljene kao kandidati za nonsens posredovanu razgradnju iRNK (NMD) i ne kodiraju održive proteine.
Tabela 1: Poznate varijante transkripta iRNK ljudskog gena C11orf49
ImePristupni brojBroj egzonaVeličina (bp)Varijanta 1NM_001003676.381.923Varijanta 2NM_001003677.391.668 Varijanta 3NM_024113.581.650Varijanta 4NM_001003678.391.159 Varijanta 5NM_001278222.181.619Varijanta 6NR_103471.2101.895Varijanta 7NR_103472.281.519
Protein thumb|Konceptna translacija C11orf49 Homo sapiens Conceptual Translation thumb|Predviđena sekundarna struktura Phyre2 thumb|Predviđedna trakasta tercijerna struktura, prema i-Tasser-u thumb|Predviđena sferna tercijerna struktura, i-Tasser
Izoforme Postoji 5 poznatih izoformi za protein C11orf49, a izoform 2 je najcjelovitiji protein, kodiran varijantom transkripta 2.
Tabela 2: Poznate proteinske izoforme ljudskog proteina C11orf49
ImePristupni brojVeličina (AA)Izoforma 1NP_001003676.1274Izoforma 2NP_001003677.1337Izoforma 3NP_077018.1331Izoforma 4NP_001003678.1326Izoforma 5NP_001265151.1322
Kompozicija C11orf49 protein ima molekulsku težinu od 38,1 kD, i izolektričnu tačku od oko pH = 5. Sastav proteina pada ispod normalnih razina za svaku aminokiselinu, i nema konzerviranih ponavljanja, uzoraka ili nabijenih nakupina koje bi se mogle vidjeti. Ne postoje uočljivi hidrofobni ili transmembranski regioni.
Proteinski domen Predviđeno je da protein C11orf49 sadrži domen protein-kinaze u blizini N' kraja (ostaci 12-51)
Sekundarna struktura Za sekundarnu strukturu alati za predviđanje poput Ali2D, Phyre2 i i-Tasser predviđaju da se protein C11orf49 uglavnom sastoji od alfa-heliksa, bez predviđanja beta-listova. Informacije o tome gdje se nalaze ovi alfa-heliksi mogu se vidjeti na slici desno.
Tercijarna struktura Predviđena i-Tasser tercijarna struktura proteina uključena je s desne strane mjesta. Posttranslacijske modifikacije Fosforilacija Predviđa se da će protein C11orf49 biti fosforiliran na četiri različita mjesta, uglavnom na ostacima serina, ali i na jednom treoninskom ostatku.
Tabela 3: Predviđena mjesta fosforilacija ljudskog proteina C11orf49
PozicijaAminokiselineKinaza310SerinAGC/Akt48TreoninAGC/Akt/AKT166SerinAGC/Akt318SerinAGC/Akt
Sumoilacija Predviđa se da će protein C11orf49 biti sumoiliran na pozicijama 119 i 320, oba lizinska ostatka.
Subćelijska lokalizacija Predviđa se da se ljudski protein C11orf49 lokaliziraju u citoplazmi.
Genska razina tregulacije
Promotori thumb|Lokacije promotora na ljudskom genu C11orf49 Na Genomatixu je navedeno sedam promotora, ali samo jedan od njih (GXP_204543) počinje na početku ljudskog gena C11orf49 , a ima i najveći broj kodiranih transkripata.
Tabela 4: Lista pridruženih promotora ljudskog gena C11orf49
Promotorski IDStartni položajPoložaj krajaVeličina (bp)OrijentacijaUkupni broj transkripataGXP_20454346935524469368191296Plus lanac32 GXP_316228047050923470519621040 Plus lanac1 GXP_316228147051454470525001047 Plus lanac2 GXP_316228347136696471377351040 Plus lanac 1 GXP_316228447153395471544341040Plus lanac1 GXP_316228547153944471549831040 Plus lanac 1 GXP_20454247159105471601441040 Plus lanac1
Faktori transkripcije thumb|Vezna mjesta faktora transkripcije za ljudski promotor C11orf49 Predviđeno je da će se sljedeći transkripcijski faktori vezati za promotor GXP_204543. Što je veći rezultat matrice, veća je verovatnoća da se transkripcijski faktor veže za promotor. Podaci o tome gdje se ovi transkripcijski faktori vezuju za promotor GXP_204543 prikazani su na slici desno od stranice.
Tabela 5: Lista veznih transkripcijskih faktora za promotor GXP_204543
Matriksna porodicaDetaaljne informacije o porodici Detaljnije informacije o matriksuMatriksni rezultatV$NKXHNKX homeodomenski faktoruHomeodomenski faktor NKX-2.51V$GATAGATA vezujući faktorGATA-vezujući faktor 30,992V$LEFFLEF1/TCFUključen u Wnt signalni put0,991O$VTBPKičmenjački TATA-vezujući faktorĆelijski i virusni TATA-boksni elementi0,99V$KLFSKrueppeloliki TFsDobronabijeni Krueppeloliki TF0,982V$MYBLĆelijski i virusni myb-oliki TFsV-Myb0,978V$E2FFE2F-myc aktivatorE2F TF 10,976V$MEF3MEF3-vezujuća mjestaHomeoboksni homolog 2Sine oculis0,972V$XBBFX-boks vezujući fsktoriX-boks vezujući protein RFX10,966V$ETSFLjudski i mišji faktori ETS1 Elk-10,958V$PBXCPBX-MEIS-kompleksiHomeoboksna 3Pre-B-ćelijska leukemija 0,949V$CAATCCAAT binding factorsĆelijski i virusi CCAAT-boks0,927V$HEATFaktori toplotnog šokaFaktor 1 toplotnog šoka0,927V$MYT1MYT1 C2HC zinc finger proteinMijelinski TF 1-liki, neuronski C2H2 ZF 10,925V$GCMFHorion-specifični TFsNedostajući homolog 1 glijinih ćelija0,902V$ZF04C2H2 cinkov prst TF 4Cinkov prst i domen BTB0,9V$MAZFMyc pridruženi cinkovi prsti (MAZ)MAZ0,875V$PAX9Pax-9 vezujuće mjesto sitesZebricino Pax-9 vezujuće mjesto0,848V$DMRTDM TFs sa domenomMab-3 srodni TF 10,817
Ekspresija gena thumb|Obrazac mikrozračne ekspresije C11orf49 thumb|Podatak C11orf49 RNK-Seq
Tkivno specifična ekspresija
Obrasci ekspresije mikrozraka i RNA-Seq podaci pokazuju vrlo visoke nivoe ekspresije u mozgu. Prema podacima RNK-Seq, visoka ekspresije nađena je i u fetusnom tkivu pluća. Dodatnw informacije za ostala tkiva uklučene su u sliku desno.
Uvjeti diferencirane ekspresije Ekspresija C11orf49 značajno se povećava nakon prekomjerne ekspresije klaudina-1 u ćelijskim linijama adenokarcinoma pluća. Klaudin-1 posebno sprječava paraćelijsku difuziju malih molekula kroz uske spojeve u epidermi.
Ekspresija C11orf49 značajno se smanjuje nakon liječenja kamptotecinom na epitelnoj ćelijskoj liniji bubrega. Kamptotecin je alkaloid koji inhibira jedarni enzim DNK-topoizomeraza i ima antitumorsko djelovanje. Takođe je pokazao sposobnost da izazove apoptozu promenom propustljivosti mitohondrijske membrane, oslobađajući citokrom C.
Regulacija posttranskripcije thumb|5' UTR drška-petljasta struktura C11orf49 thumb| Transcript 3' UTR drška-petlja struktura C11orf49 i miRNK mjesta vezanja
5' UTR Predviđena je struktura matične petlje u 5 'UTR transkripta C11orf49 iz nukleotida 15-26, prikazanih desno.
3' UTR Predviđene su strukture matične petlje i miRNK mjesta vezivanja za 3' UTR transkripta C11orf49, prikazana desno.
Interakcije protein-protein Baza podataka koju pruža PSICQUIC ukazuje na to da ljudski protein C11orf49 stupa u interakciju sa sljedećim proteinima navedenim u Tabeli 6. Sve interakcije su određene pomoću eksperimenata dvohibridnog skrininga.
Tabela 6: Lista of proteina koji komunicirfaju sa ljudskin proteinom C11orf49
ProteinOpisHTTHuntingtinski proteinAPOEApolipoprotein EPRKAR1ARegulacijska podjedinica cAMP-ovisne protein-kinaze tip I-alfaFHFumarat-hidratazaGCAGrancalcinPHF1PHD prstov protein 1VPS54Pridruženi protein 54 proteina vakuolskog sortiranja ZFHX3Homeoboksni protein 3 cinkovog prsta RAB7L1Porodica RAS-olikog onkogena 1NDRG1Stresno odgovorni proteinPNMA5Paraneoplazijski antigenoliki protein 5TXN2Tioredoksin
Homologija i evolucija
Ortolozi i paralozi C11orf49 se može naći među raznim taksonomskim grupama, uključujući, ali se ne ograničavajući na njih: Mammalia, Aves, Reptilia, Amphibia, Platyhelminthes, Cyprinidae, Hemichordata, Cnidaria, Arthropoda, Placozoa, Choanoflagellata, Spizellomyces i Oomycota. Međutim, C11orf49 nije moguće pronaći u Insecta ili Plantae. Nema poznatih paraloga C11orf49.
Tabela 7: Lista odabranih ortologa C11orf49 Rod i vrstaUobičajeno imeTaksonomska grupaDatiranje diveergencije (minioni godina)Pristupni brojDužina (aminokiseline)Identitet (%)Sličnost (%)Mus musculusMišRodentia89NP_780332.13319295,5Gallus gallusKokošAves318XP_015142672.133176,783,5Chelonia mydasZelena morska kornjačaReptilia318XP_007054360.236273,479,9Geotrypetes seraphini Gabonska cecilijaAmphibia352XP_033784118.132969,981,7Xenopus tropicalisTropska kandžasta žabaAmphibia352NM_001079316.133061,977,3Danio rerioZebricaCyprinoidae433NP_001002479.133154,772,2Sacoglossus kowalevskiiŽirolika glistaHemichordata627XP_006821066.129943,658,2Nematostella vectensisStarletna morska anemonaCnidaria687XP_032240720.130042,457,3Macrostomum lignanoPljosnata glistaPlatyhelminthes692PAA77967.140429,742,3Stegodyphus mimosarum Afrički baršunasti paukArthropoda736KFM74201.132124,338,5Trichoplax adhaerensTrihoplaksPlacozoa747XP_002108042.126324,739,6Salpingoeca rosettaN/AChoanoflagellate928XP_004994083.123115,525,5Spizellomyces palustrisAustralijska gljivaSpizellomyces1017TPX67906.129821,432,7Saprolegnia diclinaPamučna plijesanOomycota1552XP_008621502.131422,935,6
Evolucija thumb|300px|Evolucijska C11orf49
Historija Saprolegnia diclina je najudaljeniji ortolog od poznatih C11orf49, sa divergencijom od ljudskih predaka od približno 1.552 miliona godina.
Evolucijska stopa Prema molekulskom satu, C11orf49 je evoluirao brže nego Citohrom c, ali sporije od fibrinogena alfa. Grafikon koji sadrži ovu analizu nalazi se s desne strane.
Funkcija
Aktivnost protein-kinaze Predviđeno je da će C11orf49 djelovati kao cAMP-ovisna protein-kinaza.
Klinički značaj Pokazalo se da C11orf49 stupa u interakciju s proteinima HTT i APOE2, koji su povezani s Huntingtonovom i Alzheimerovom bolešću. Zbog predviđene funkcije C11orf49, ova interakcija bi mogla biti orijentirana na kinazu.
Ekspresija C11orf49 značajno se povećava nakon prekomjerne ekspresije klaudina-1 u ćelijama adenokarcinoma pluća.
Ekspresija C11orf49 značajno se smanjuje nakon liječenja kamptotecinom na ćelijskoj epitelnoj ćelijskoj liniji bubrega.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 11 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika