Protein 180 sa upredenom zavojnicom (CCDC180) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC180. Poznato je da se ovaj protein lokalizuje u jedru i smatra se da je uključen u regulaciju transkripcije, kao i mnogi proteini koji sadrže domene upredene zavojnice. Kako je eksprimiran u sjemenicima i reguliran faktorom koji određuje testis i faktorom transkripcije, SOX to bi mogao biti uključen u određivanje spola.
Gen thumb|647x647px|Linijama je označena lokacija CCDC180 na ljudskom hromosomu 9 u sekvenci 9q22.33.
CCDC180 je poznat i po pseudonimima KIAA1529, BDAG1 KIAA1529, BDAG1 (pridruženi gen 1 uz Behçetovu bolest) i C9orf174.
Osobine gena Gen CCDC180 dug je 71.221 parova baza. Sadrži 37 egzona i orijentiran je na prednji dio hromosoma.
iRNK Ne postoje poznate izoforme ili alternativne varijante prerade CCDC180-ove iRNK.
Protein
Opća svojstva CCDC180 sadrži 1.701 aminokiselinu i ima molekulsku težinu od 197,3 kDa. Izoelektrična tačka (pI) je 5,74. Nizak pI pripisuje se relativno visokoj koncentraciji glutaminske kiseline u usporedbi s drugim ljudskim proteinima od 12,9%. CCDC180 također sadrži relativno nisku koncentraciju glicina u odnosu na prosječni ljudski protein od 3,5%.
Domeni thumb|342x342px| Ovdje su prikazani glavni domeni u proteinu CCDC180: domeni nepoznate funkcije 4455 i 4456, dva domena sa zavojnicom i domen bogat glutaminskom kiselinom. CCDC180 sadrži dva domena nepoznate funkcije (DUF -ovi): DUF4455 i DUF4456. Postoje i dvije regije upredene zavojnice, koje se preklapaju sa DUF-ovima. Postoji regija niske složenosti koja je vrlo bogata glutaminskom kiselinom. left|thumb|Model sekundarne i tercijarne strukture CCDC180 prema Michigan I-TASSER-skom serveru.
Sekundarna i tercijarna struktura Predviđa se da je sekundarna struktura CCDC180 gotovo u potpunosti sastavljena od alfa-heliksa, sa samo nekoliko predviđenih beta-listova. Tercijarna struktura još nije u potpunosti okarakterizirana, ali je prikazan model koji je predvidio server I-TASSER na Univerzitetu u Michiganu thumb|715x715px|Translacija iRNK i proteinske sekvence za ljudski protein CCDC180, uključujući domene, sekundarnu strukturu, mjesta spajanj egzona i mjesta nakon prerade nakon translacije.
Posttranslacijske modifikacije Predviđa se da CCDC180 prolazi kroz razne posttranslacijske modifikacije: Fosforilacija na ostacima serina, treonina i tirozina Tirozinska sulfacija Sumoilacija O-vezani β-N-acetilglukozaminska modifikacija serinskih ostataka ModifikacijaPoložajKontekstFosforilacija serina195KARESENTIFosforilacija serina627LRQQSDKETFosforilacija serina680SSALSQYFFFosforilacija serina734RSEESISSGFosforilacija serina961NELDSELELFosforilacija serina1069VTQVSLRSFFosforilacija serina1087KLRYSNIEFFosforilacija serina1105GGNFSPKEIFosforilacija serina1381QPENSGKKAFosforilacija serina1396TSAGSFTPHFosforilacija serina1526KFFTSKVEIFosforilacija serina1649LAGLSLKEEFosforilacija serina1663IERGSRKWPFosforilacija treonina521WKAFTEEEAFosforilacija treonina1621DEVVTIDDVFosforilacija treonina1690SSISTTKTTFosforilacija tirozina345EKTSYLMRPFosforilacija tirozina650MKSRYECFHFosforilacija tirozina1141LENEYLDQAFosforilacija tirozina1447AEEFYRKEKFosforilacija tirozina1485QANKYHNSCSumoilacija89ERSVTLKSGRIPMMSumoilacija137REKERAKREKARESSumoilacija355DTWKALKKEALLQSSumoilacija492VGALQGKVEEDLELSumoilacija1590LAGLSLKEESEKPLSerinski O-vezana β-N-acetilglukozamin 1635KQKLSMLIRR
Subćelijska lokalizacija Predviđeno je da je CCDC180 lokaliziran u jedru i da sadrži četiri jedarne lokalizacije sekvenci.
Ekspresija thumb|453x453px|GEO profil ekspresije lhdskog proteina CCDC180 u normalnim tkivima. CCDC180 se eksprimira sveprisutno na niskim nivoima u cijelom tijelu, a najveća ekspresija se dosljedno vidi u sjemenicima. Druga replicirana tkiva visoke ekspresije uključuju dušnik i oko.
Regulacija ekspresije
Regulacija transkripcije Za transkripciju CCDC180 predviđa se da će biti regulirana baznim parom 664 promotora, sa ID GXP_1829211. Ovo predviđanje podržano je transkriptima GXT_23217882, GXT_24495001, GXT_24495002 i GXT_24495003. Predviđeno je da se transkripcijski faktor veže za ovu promotorsku regiju. Protein koji veže pojačivač Ccaat KRAB domen protein cinkovog prsta 57 Faktori C2H2 cinkovog prsta slični Krüppelu Protein koji veže oktamer SRY okvir 9 porodica GLI cinkovog prsta RXR heterodimeri SOX faktori E-bokni faktori vezivanja Fnervni kaktor rasta-inducirani protein C Myc-vezani cinkov prst GC-vezujući faktor 2 Protein koji vezuje X-kutiju 1 Histonski jedarni faktor P
Interaktivni proteini Pokazano je da sljedeći proteini stupaju u interakciju sa CCDC180 u dvohibridnim testovima kvasca. ProteinFunkcijaY kutijski vezujući protein 1Vezanje DNK i RNA, transkripcijski i translacijska regulacijaMitotska kontrolna tačka serin/treonin-kinaze Pomaže u sastavljanju vretena prilikom sastavljanja mitoze B-ćelijski CLL/limom 10Inducira apoptozu i aktivira NF-κBHomolog neuroblastomskog RAS virusnog onkogenaRegulira diobu ćelijaErb-B2 receptor tirozin-kinaze 2Stabilizira vezanje liganda u ostale članove porodice EGF-receptora Retinoblastom 1Negativna regulacija progresije ćelijskog ciklusaProto-onkogenska tirozin-protein kinaza SrcTransdukcija signalaMutatiran in kolorektumskim kancerimaNegativna regulacija progresije ćelijskog ciklusa Katenin alfa-1Pridruživanje kadherinimamutL homolog 1Popravak DNKPovećanje postmejozne segregacije 2Popravak neusklađenosti DNKHomolog fosfataze i tenzinaSupresija tumoraProteinka tIrozin-fosfataza, ne-receptorski tip 12Trasdukcija signalaMajke protiv dekapentaplegijskoh homologa 4Regulacija transkripcije Trombocitno izvedeni receptor faktora rastaNepoznata, moguća supresija tumoraSerin/treonin-kinaza 11Regulira ćelijsku polarnostCiklin-ovisni inhibitor kinaze 2AStabilizira p53FolikulinNepoznata, moguća supresija tumoraProtein aktivacije DLC Rho GTPazeRegulira male GTP-vezane proteinemutL homolog 3Popravak DNK
Klinički značaj Jednonukleotidni polimorfizam (SNP) u genu koji dovodi do promjene jedne aminokiseline (S995C) pokazalo se u studiji asocijacije na cijelom genomu značajno povezanim s Behçetovom bolesti, a ova oznaka dovela je do pseudonima Behcetova bolest-gena 1 (BDAG1). Uloga CCDC180 u fenotipu bolesti je nepoznata.
Homologija Kod ljudi ne postoje paralozi za ovaj gen, ali postoje ortolozi u velikom broju organizama, koji se protežu sve do jednoćelijskih zelenih algi. CCDC180 nije konzerviran u bakterijama, arhejama, biljkama, gljivama ili protistima. Sljedeća tabela uključuje podskup vrsta koje sadrže proteinske ortologe CCDC180. Nije iscrpan, ali ukazuje na raznolikost vrsta koje sadrže ortologe CCDC180. Rod i vrstaUobičajeno imeDivergencija od ljudi (milioni godina) Pristupni broj Dužina sekvence Identitet % Sličnost %Homo sapiensČovjek –NP_065944.21.701 - -Pan paniscusBonobo6,6XP_008972301.11.70399%99%Capra hircusKoza97,5 myaXP_013821462.11.74670%83%Physeter cotodonSpermasti kit97,5XP_007131156.11.74472%84%Struthio camelusNoj320,5XP_009664045.1160539%58%Apteryx australisSmeđi kivi320,5 XP_013797236.11.60640%60%Alligator sinensisKineski aligator320,5XP_006029881.1155840%59%Gekko japonicusGekon320,5XP_015266758.11.63840%58%Thamnophis sirtalis Zmija podvezica320,5 XP_013926700.155641%56%Chelonia mydasZelena morska kornjača320,5 XP_007061172.11.63245%68%Salmo salarAtlantski losos429,6 XP_014027541.11.48838%54%Lepisosteus oculatusPjegavi gar429,6XP_015222467.11.48040%59%Ciona intestinalisMorski mlaz733,0XP_002123678.2157132%51%Branchiostoma floridaeFloridska kopljača733,0 XP_002609423.11.51533%50%Saccoglossus kowalevskiiŽirasta glista747,8 XP_002742433.1152333%53%Priapulida caudatusPriapulidni crv847,0XP_014672086.11.29328%46%Crassostrea gigasPacifićka ostriga 847,0XP_011430927.1114433%51%Lottia giganteaSova847,0XP_009044533.188634%52%Lingula anatinaBrahiopoda847,0XP_013409374.11.52335%53%Chlamydomonas reinhardtiiHlamidomonas1513,9 XP_001694909.1154420%40%Salpingoeca rosettaHoanoflagelata1724,7XP_004997848.11.51424%49%
Evolucijska historija thumb|430x430px| Aminokiselina se mijenja na 100 (m) u izboru ortologa CCDC180 u odnosu na vrijeme divergncije vrste od čovjeka u milionima godina. Ovo se upoređuje sa citohromom C i fibrinogenom, kako bi se pokazalo relativno velika brzina evolucije proteina CCDC180. CCDC180 je relativno brzoevoluirajući gen u odnosu na druge dobro poznate gene. Ne postoje poznati članovi porodice, varijante prerade ili izoforme, niti dokazi o duplikacijama gene u njihovoj historiji.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 9 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika