Otvoreni okvir čitanja 62 hromosoma 6 (C6orf62), a znan i kao X-trans-activirani protein 12 (XTP12), je gen koji kodira istoimeni protein. Predviđeno je da kodirani protein ima subćelikjsku lokaciju unutar citosola.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 229 aminokiselina, а molekulska težina 27.083 Da.
1020304050 MGDPNSRKKQALNRLRAQLRKKKESLADQFDFKMYIAFVFKEKKKKSALF EVSEVIPVMTNNYEENILKGVRDSSYSLESSLELLQKDVVQLHAPRYQSM RRDVIGCTQEMDFILWPRNDIEKIVCLLFSRWKESDEPFRPVQAKFEFHH GDYEKQFLHVLSRKDKTGIVVNNPNQSVFLFIDRQHLQTPKNKATIFKLC SICLYLPQEQLTHWAVGTIEDHLRPYMPE
Protein Glavni transkript ima 229 aminokiselina i kodiran je iz pet egzonskih regija. Postoje dvije varijante transkripta koje imaju 200 aminokiselina i 160 aminokiselina. Postoji domen nepoznate funkcije (DUF4566) u sve tri varijante , a obuhvata pozicije 1–226 na primarnom transkriptu. Molekulska težina C6orf62 je 27,1 kDa, a njegova izoelektrična tačka je na pH 9,24.
Gen i varijante transkripta U DNK, C6orf62 je dug 12.529 parova baza i nalazi se na sekvenci 6q22.3. Nalazi se na hromosomu 6 na poziciji 22.3 (6q22.3). Zrela sekvenca iRNK duga je 2.498 parova baza s pet egzona i četiri intronske regije koja prevodi protein dug 229 aminokiselina i dvije predviđene izoforme od 160 i 200 aminokiselina.
Proteinske interakcije
ProteinPredviđanjeELAVL1 Predviđen putem zadržavanja RNK afiniteta.PVRL4 Predviđen putem spektroskopije hvatanja sa masenom sapektrometrijom afiniteta.NADHPredviđen putem dvohibridnog pregleda kvasca.
Ekspresija C6orf62 je široko eksprimiran u ljudskom tijelu, ali njegova količina proteina nije velika. Jače je izražen u žučnoj kesi i sjemenicima, ali nije predviđeno da je eksprimiran izražen glatkim mišićima, limfnim čvorovima, slezeni, jajnicima, masnom i mehkom tkivu.
Homologija C6orf62 je visoko konzerviran među kičmenjacima i ima ortologe u beskičmenjacima.
Ortolozi odabranih sisara RodVrstaUobičajeno imeDatiranje divergencije (milioni godina)RefSeqDužina AA Identitet (%)Sličnost [%)Pongo |abelii|Sumatranski orangutan |15,2 |NP_001126883.1 |232 |99 |99 |- |Ictidomys|tridecemlineatus|Prizemna vjeverica |88 |XP_005337081.1 |231 |99 |98 |- |Tupaia|chinensis|Verirovka |85 |XP_006162754.1 |267 |84 |98 |- |Rattus|norvegicus''Smeđi pacov88NP_001017510.12329998
Ortolozi odabranih riba zrakoperki
RodVrstaUobičajeno imeDatiranje divergencije (milioni godina)RefSeqDužina AA Identitet (%)Sličnost [%)SalmosalarLosos435XP_014034327.12338293SinocyclocheilusrhinocerosZlatnopruga mrena435XP_016388718.12308794HippocampuscomesMorski konjić435XP_019729847.12348091
Ortolozi odabranih vodozemaca RodVrstaUobičajeno imeDatiranje divergencije (milioni godina)RefSeqDužina AA'Identet (%) Sličnost (%?NanoranaparkeriVisokomalajjska žaba353XP_018411819.12329597XenopustrpocalisAfrička kandžasta žaba353NP_001120278.12329398
Ortoloi odabranih gmizavaca RodVrstaUobičajeno imeDatiranje divergencije (milioni godina)RefSeqDužina AA Identitet (%)Sličnost (%)Chrysemyspicta belliObojena kornjača320XP_005281462.12339798PythonvbivittatusMjanmarski piton320XP_007521998.12339699CheloniamydasMorska zelena kornjača320XP_007060449.12319798AlligatorsinensisKineski aligator320XP_006034488.12329899
Ortolozi odabranih ptica
RodVrstaUobičajeno imeDatiranje divergencije (milioni godina)RefSeqDužina AA Identitet (%)Sličnost [%)TauracoerythrolophusCrvenogrbi taurako320XP_009991398.123297Taeniopygia |guttata|Zebrasta zeba |320 |XP_002194166.1 |232 |98
|Manacus|vitellinus'' Zlatnoznaki manakin320XP_017925511.124198 Ortolozi odabranih beskičmenjaka RodVrstaUobičajeno imeDatiranje divergencije (milioni godina)RefSeqDužina AA Identitet (%)Sličnost [%)Ciona |intestinalis|Morski mlaz |677 |XP_002119736.1 |233 |38 |62 |- |CrassostreagigasPacifička ostriga758XP_011438527.12316280Hellobdella |robusta|Pijavica porodice Glossiphoniidae|758 |XP_009016977.1 |264 |35 |51 |- |Octopus|bimaculoides|Dvopjegi oktopus |758 |XP_014780369.1 |197 |60 |79 |- |Saccoglossus|kowalevskii''Žirasta glista627XP_002741666.12306683
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 6 Kategorija:Ljudski geni Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika