Transmebranski i upredenozavojnički domen 4 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TMCO4 sa hromosoma 1. Njegova funkcija još nije dobro definirana. Predviđeno je da transmembranski protein tri puta prelazi membranu endoplazmatskog retikuluma. TMCO4 stupa u interakciju s drugim proteinima za koje je poznato da imaju ulogu u razvoju raka, nagoveštavajući moguću ulogu u toj bolesti.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 634 aminokiseline, a molekulska težina 67.910 Da.
1020304050 MAMWNRPCQRLPQQPLVAEPTAEGEPHLPTGRELTEANRFAYAALCGISL SQLFPEPEHSSFCTEFMAGLVQWLELSEAVLPTMTAFASGLGGEGADVFV QILLKDPILKDDPTVITQDLLSFSLKDGHYDARARVLVCHMTSLLQVPLE ELDVLEEMFLESLKEIKEEESEMAEASRKKKENRRKWKRYLLIGLATVGG GTVIGVTGGLAAPLVAAGAATIIGSAGAAALGSAAGIAIMTSLFGAAGAG LTGYKMKKRVGAIEEFTFLPLTEGRQLHITIAVTGWLASGKYRTFSAPWA ALAHSREQYCLAWEAKYLMELGNALETILSGLANMVAQEALKYTVLSGIV AALTWPASLLSVANVIDNPWGVCLHRSAEVGKHLAHILLSRQQGRRPVTL IGFSLGARVIYFCLQEMAQEKDCQGIIEDVILLGAPVEGEAKHWEPFRKV VSGRIINGYCRGDWLLSFVYRTSSVQLRVAGLQPVLLQDRRVENVDLTSV VSGHLDYAKQMDAILKAVGIRTKPGWDEKGLLLAPGCLPSEEPRQAAAAA SSGETPHQVGQTQGPISGDTSKLAMSTDPSQAQVPVGLDQSEGASLPAAA SPERPPICSHGMDPNPLGCPDCACKTQGPSTGLD
Gen center|thumb|410x410px|Lokacija gena TMCO4 na hromosomu 1.
TMCO4 se nalazi na minus lancu hromosoma 1 na sekvenci 1p36.13. The gene consists of 118,172 base pairs stretching from base pair 19,682,213 through 19,800,385. Ne postoje uobičajeni pseudonimi za TMCO4. Geni CAPZB i LOC105376823 susjedi TMCO4 na hromozomu 1. TMCO4 se sastoji od 16 egzona.
iRNK
Postoji dvadeset varijanti transkripta iRNK (X1-X20) proizvedenih kroz različite kombinacije 16 različitih egzona. Najčešća varijanta je X1, koja uključuje sve egzone i obuhvata svih 118.172 bazna para.
Protein
thumb|532x532px| Prikaz proteina TMCO4: Žuti dijamanti predstavljaju predviđena mjesta fosforilacije, a plavi predviđena O-vezana mjesta glikozilacija. |center thumb|Četiri moguća predviđanja sekundarne strukture kreirana pomoću iTASSER softvera. Prva predviđena struktura krajnje lijevo je najstabilnija, a samim tim i najvjerovatnija predviđena struktura. |278x278px
Primarna sekvenca
Najčešći protein kodiran TMCO4 je dug 634 aminokiseline s pristupnim brojem XP_011539488.1.
Opća svojstva i sastav
Molekulska težina TMCO4 je 67,9 kDa. Izoelektrična tačka je 5,48. Kao cijeli protein, TMCO4 nema abnormalnu distribuciju aminokiselina. Ima tri duga dijela bez naboja koja odgovaraju lokaciji tri različita transmembranska regiona. Prvi citosolni domen TMCO4 ima abnormalno visoke količine leucina i glutaminske kiseline i abnormalno niske količine asparagina. Veći lumenski domen TMCO4 također ima abnormalno nisku količinu asparagina i fenilalanina. thumb|Konceptna translacija TMCO4 1. dio: Žuti krugovi označavaju predviđena mjesta fosforilacije, a plavi predviđena O-vezana mjesta glikozilacije. Isticanje prema 3' kraju sekvence predviđa formiranje petljine drške. |360x360px
Svojstva proteina
Dvije glavne oblasti od interesa unutar TMCO4 proteina su tri transmembranske regije i velika abhidrolazna regija. Predviđa se da je N-terminal TMCO4 unutar citosola ćelije, a C-terminal unutar lumena endoplazmatskog retikuluma. Također se predviđa da TMCO4 ima leucinski zatvarač i veliki domen upredene zavojnice.
Sekundarna struktura
Predviđa se da u sekundarnoj strukturi TMCO4 dominiraju alfa heliksi, na osnovu predviđanja softvera iTASSER.
Posttranslacijske modifikacije
Predviđena su mnoga mjesta fosforilacija za dva citosolna regiona TMCO4. Mjesta O-vezane glikozilacije predviđena su na drugoj lumenskoj regiji TMCO4. Ove predviđene lokacije mogu se vidjeti i na shematskoj ilustraciji TMCO4 koja se nalazi iznad ili u konceptnoj translaciji TMCO4 koji se nalazi ispod.
Subćelijska lokalizacija
Konzistentno se predviđa da se TMCO4 nalazi u membrani endoplazmatskog retikuluma na osnovu mnogih homologa. thumb|Konceptna translacija TMCO4, 2. dio|363x363px Rod i vrstaUobičajeno imeEndoplazmatski retikulumGolgijev aparatMitohondrijskiJedarniMembranskiHomo sapiensČovjek44,4%22,2%22,2%11,1%–Mus musculusMiš39,1%4,3%17,4%8,7%21,7%Xenopus laevisAfrička kandžasta žaba55.6%–22,2%11,1%–Danio rerioZebrica33,3%11,1%11,1%–22,2%Callorhinchus miliiAustralijska duh-ajkula 33,3%11,1%33,3%–22,2%
Interakcijski proteini
Utvrđeno je da TMCO4 stupa u interakciju s mnogim proteinima. Jedan protein od interesa sa kojim TMCO4 stupa u interakciju je FLT1. FLT1 je receptor VEGFreceptor VEGF Poznato je da VEGF ima značajnu ulogu u razvoju raka. Drugi proteini za koje je eksperimentalno pokazano da TMCO4 stupa u interakciju su UBB, UBC, KPTN i BVLF1. UBB i UBC su poliubikvitini koji ciljaju molekule na razgradnju, što sugerira da se TMCO4 u nekom trenutku razgrađuje. KPTN je protein koji je neophodan u neuromorfogenezi. BVLF1 je protein Epstein-Barrovog virusa.
Homologija
Paralozi
TMCO4 nema nikakve paraloge.
Ortolozi
Ortolozi TMCO4 mogu se naći u bakterijama, protistima, biljkama, gljivama, trichoplaxima, beskičmenjacima, ribama, vodozemcima, gmizavcima, pticama i sisarima. Neki od ovih ortologa se mogu naći u donjoj tabeli. Ortolozi su sortirani u opadajućem redosledu datiranja evolucijke divergencije od ljudi, a zatim opadajućem redosledu postotaka identiteta sekvence. TMCO4 je gen koji brzo evoluira i koji je bio visoko konzerviran kroz evoluciju. Regioni TMCO4 koji su visoko konzervirani u ortolozima uključuju različite transmembranske domene i regiju abhidrolaza. Rod i vrstaPristupni brojDužina sekvenceIdentitet sekvenceSličnost sekvenceHomo sapiens (Čovjek)NP_859070.3634100%100%Papio anubus (Babun)XP_017813266.156896%97%Mus musculus (Miš)AAH13471.163183%88%Ursus maritimus (Polarni medvjed)XP_008692882.160887%90%Gavia stellata (Crvengrli lutalica)XP_009808720.161078%87%Python bivittatus (Mjanmarski piton)XP_007441490.161770%83%Xenopus laevis (Afrička kandžasta žaba)XP_018083828.163575%87%Danio rerio (Zebrica)XP_003201275.268859%74%Parasteatoda tepidariorum (Pauk)XP_015925328.164256%74%Caenorhabditis elegansNP_494812.261742%59%Trichoplax adhaerensXP_002107886.137852%70%Aspergillus clavatus (Gljivica)XP_001275560.168640%58%Vibrio parahaemolyticus (Vibrio)WP_069539226.141228%48%
Ekspresija
thumb|278x278px| Nivo ekspresije TMCO4 u različitim tkivima: strana 1.
TMCO4 je visoko eksprimiran u mnogim tkivima. Najveća ekspresija se javlja u prostati, trahejama, maternici, tankom crijevu, posteljici, štitnoj žlijezdi, pljuvačnim i nadbubrežnim žlijezdama. Predviđa se da ekspresiju TMCO4 kontroliraju mnogi transkripcijski faktori.
Klinički značaj
TMCO4 još nije direktno povezan ni sa jednom bolešću ili poremećenim fenotipom. Međutim, interakcija sa VEGF receptorom može ukazivati na moguću ulogu u kanceru.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 1 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Transmembranski proteini Kategorija:Proteomika